Vào sáng sớm ngày 24 tháng 12 năm 2004, một nhân duyên lịch sử lớn đã đến với ngôi chùa Thanh Lương. Một pho tượng Bồ Tát Quan Âm bằng gỗ quý trong dáng đứng trên một con rồng, với chiều cao 2m20 phân, đã từ ngoài khơi xa trôi vào Hòn Dứa, cạnh chùa không xa, được ngư dân phật tử trong làng phát hiện và báo cho chùa. Sau đó nhà chùa thông báo đến chính quyền và tổ chức phật tử ra làm lễ rước. Tượng Phật được an trí tại chùa Thanh Lương. Pho tượng tuy không còn nguyên vẹn do sự bào mòn của thời gian và chìm ngấm dưới biển lâu năm nhưng vẫn dễ dàng nhận ra nguyên bản dáng đứng của Bồ Tát Quan Âm.
Chùa được xây dựng với nét kết hợp hài hòa giữa văn hóa yên bình vùng biển thông qua hình ảnh gáo dừa và San hô biển. Ngôi chính điện cùng gian thờ Tổ với tổng diện tích xấp xỉ nghìn mét vuông đã được ốp mái, trang trí toàn bộ bằng đá san hô và gáo dừa, những chất liệu tiêu biểu đặc trưng nơi vùng đất ven biển.
Từng khối san hô bao được mang về phân loại, kỳ công đẽo gọt và mài nhẵn. Sau đó được ốp trang trí mái, lam, đầu rường, mặt tiền theo hình chữ vạn hoặc hình kỷ hà, ngọn sóng. Nội thất bên trong sử dụng muôn vạn mảnh gáo dừa lắp ghép ốp tường tạo hình thay gỗ với các sắc màu nâu, đen, trắng xen lẫn hài hòa.
Cảnh trí của chùa được bố trí bình dị có thể len lỏi vào tâm hồn mỗi người. Cảnh quan ở đây e ấp kín đáo, không lộng lẫy tân thời mà uy nghi trầm mặc như tính cách bình dị của người Phú Yên. Kiến trúc tâm linh của ngôi chùa thể hiện ngay ở con đường dẫn.
Đi qua cổng chùa, ta sẽ bắt gặp ngay trước mắt bức tượng đức Phật Di Lặc với nụ cười an nhiên tự tại của một người như đã hiểu hết lẽ đời. Kế đến là không gian của đá, những hòn đá được đặt cạnh nhau tạo nên một thế giới riêng. Bên trái ngôi chùa, sen đang ngát hương như tô điểm cho bức tranh thêm sức sống. Mái tam quan được giữ nguyên vẻ cổ kính với mái ngói nâu đỏ rêu phong. Toàn bộ cảnh chùa như ẩn hiện dưới tán cây cổ thụ, tạo cho ta một cảm giác yên bình.
Những câu chuyện linh thiêng về bức tượng cũng lần lượt ra đời. Với tâm nguyện của Phật tử nơi đây, chùa Thanh Lương đang trở thành điểm hành hương mang giá trị tâm linh độc đáo của tỉnh Phú Yên. Điểm độc đáo nữa khiến gần đây chùa Thanh Lương càng được nhiều du khách thập phương tìm tới là bởi ở đây mới khánh thành pho tượng Quan Âm ẩn mình dưới nước. Bức tượng có kích thước rất lớn, lưng tựa vào hồ nước với tiểu cảnh thoáng mát ngay khuôn viên của chùa Thanh Lương. Theo nhiều người ý tưởng của pho tượng này bắt nguồn từ sự việc trước đây trụ trì và Phật tử của ngôi chùa đã vớt được một pho tượng Phật từ biển và xin mang về thờ phụng. Pho tượng đó đến giờ vẫn được đặt ở vị trí trang nghiêm trong chùa để du khách đến chiêm bái.
