Theo Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế), độc tố có trong cá nóc có tên là Tetrodotoxin, tập trung nhiều ở gan, thận, tuỵ, cơ quan sinh sản (buồng trứng, túi tinh), mắt, mang, da, máu của cá nóc. Độc tính của độc tố tăng mạnh vào mùa sinh sản của cá (từ tháng 2 đến tháng 7).

Độc tố cá nóc không có trong thịt cá nóc, tuy nhiên khi đánh bắt, chế biến hoặc cá để ươn, bị dập nát, độc tố ngấm vào thịt cá sẽ gây độc khi ăn.

Độc tố cá nóc rất độc, chỉ cần 4mg thịt cá có độc tố đã giết chết 1 con thỏ 1kg. Với người chỉ cần ăn 10g thịt cá nóc có độc tố là bị ngộ độc. Chỉ từ 1-2mg độc tố có thể gây chết người.

Độc tố cá nóc có tính bền vững cao. Nếu đun sôi ở 100°C trong 6 giờ độc tố mới giảm một nửa, đun sôi ở 200°C trong 10 phút độc tố mới bị phá huỷ hoàn toàn. Như vậy, nếu chỉ đun nấu thông thường, ngộ độc cá nóc vẫn có thể xảy ra, do độc tố chưa bị phá huỷ hết. Khi phơi khô, chế biến thông thường độc tố chưa bị phá huỷ nên vẫn gây ngộ độc.

Người ăn phải cá nóc có độc tố Tetrodotoxin, sau 5 phút đến 3-4 giờ mới xuất hiện cảm giác ngứa ở miệng, môi, lưỡi tê, khó chịu. Tiếp theo thấy mệt mỏi, chóng mặt, choáng váng, cảm giác như nghẹt thắt lồng ngực, vã mồ hôi, tiết nước dãi, sùi bọt mép, nói khó, nuốt khó, mặt ửng đỏ, đau bụng, buồn nôn, nôn, run giật, cứng hàm, cứng lưỡi, chi dưới yếu, đồng tử co, liệt vận động nhãn cầu.

Trường hợp nặng xuất hiện liệt toàn thân, người mềm ra, chân tay mất khả năng vận động, da tím tái, nhiệt độ và huyết áp giảm, khó thở, cuối cùng liệt cơ hô hấp, truỵ tim mạch và tử vong. Tỷ lệ tử vong rất cao (60%) nếu cấp cứu chậm.