Cụ thể, theo Quyết định số 3314/QĐ-XPHC ngày 12/4/2024 của Cục Thuế tỉnh Quảng Nam, Petro Miền Trung đã có hành vi kê khai giảm trừ doanh thu đối với chiết khấu thương mại cho người mua không có thỏa thuận trong hợp đồng; chưa kê khai giảm thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào được khấu trừ tương ứng với các khoản công nợ phải trả cho người bán đã kéo dài nhiều năm, không có biên bản đối chiếu công nợ hằng năm, không còn nghĩa vụ phải thanh toán cho người bán dẫn đến làm giảm số thuế GTGT phải nộp năm 2015, 2016, 2018, 2019, 2020 số tiền hơn 178,9 triệu đồng.
Ngoài ra, doanh nghiệp này có hành vi kê khai vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) các khoản phân bổ chi phí giá vốn không tương ứng với doanh thu; chưa điều chỉnh tăng thu nhập đối với khoản công nợ phải trả cho người bán kéo dài nhiều năm; kê khai thiếu thu nhập tính thuế; giảm trừ doanh thu đối với chiết khấu thương mại cho người mua không có thỏa thuận trong hợp đồng; xác định giá mua của phần vốn chuyển nhượng tại Công ty cổ phần Dầu khí V-Gas không đúng quy định dẫn đến làm giảm số thuế TNDN phải nộp năm 2015, 2016, 2018, 2019, 2020 số tiền hơn 28,7 tỷ đồng.