Kết luận nêu rõ, an toàn thực phẩm là một trong những vấn đề liên quan trực tiếp đến sức khoẻ con người, chất lượng dân số, năng suất lao động và sự phát triển bền vững của đất nước. Trong bối cảnh hội nhập quốc tế sâu rộng, biến đổi khí hậu, sự phát triển nhanh của công nghệ thực phẩm, thương mại điện tử và chuỗi cung ứng toàn cầu, công tác quản lý an toàn thực phẩm đòi hỏi phải có mô hình quản lý hiện đại, thống nhất, toàn diện và dựa trên cơ sở khoa học.
Cạnh đó, kiên quyết xoá bỏ tình trạng phân tán, chồng chéo chức năng; bảo đảm bộ máy tinh, gọn, mạnh, hoạt động hiệu năng, hiệu lực, hiệu quả, đáp ứng yêu cầu bảo vệ sức khoẻ Nhân dân trong tình hình mới.
Khắc phục những bất cập, hạn chế, giao thoa, chồng chéo; tiếp thu có chọn lọc những ưu điểm trong mô hình quản lý an toàn thực phẩm trên thế giới, kinh nghiệm thực tiễn từ việc triển khai mô hình thí điểm về quản lý an toàn thực phẩm tại một số địa phương.
Bộ Chính trị cũng yêu cầu đổi mới tư duy quản lý an toàn thực phẩm theo hướng hiện đại, hiệu quả, phù hợp với thông lệ quốc tế. Các cấp, các ngành chuyển mạnh từ tiền kiểm sang hậu kiểm trên cơ sở đánh giá nguy cơ, từ phân đoạn, chia khúc theo ngành hàng thực phẩm sang quản trị theo chuỗi cung ứng thực phẩm. Việc này nhằm bảo đảm truy xuất nguồn gốc, cảnh báo, kiểm soát sớm nguy cơ thông qua hệ thống cơ sở dữ liệu tập trung, kết nối liên thông.
Về định hướng, Bộ Chính trị nêu rõ kết thúc việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Công Thương.
Cục An toàn thực phẩm trực thuộc Bộ Y tế được tổ chức lại theo hướng tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ, nhân sự, hồ sơ, tài liệu, cơ sở vật chất và các điều kiện bảo đảm thuộc lĩnh vực an toàn thực phẩm tại Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Công Thương. Đơn vị này là cơ quan tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật trong lĩnh vực an toàn thực phẩm đối với tất cả sản phẩm thực phẩm trên toàn bộ chuỗi cung ứng.
Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Bộ Công Thương tiếp tục thực hiện các nhiệm vụ quản lý chuyên ngành theo phạm vi trách nhiệm được phân công; phối hợp chặt chẽ với Bộ Y tế trong quá trình rà soát, hoàn thiện thể chế, chính sách, pháp luật và tổ chức thực hiện.
Đối với cấp tỉnh, kết luận của Bộ Chính trị yêu cầu tổ chức thống nhất Chi cục An toàn thực phẩm trực thuộc Sở Y tế các tỉnh, thành phố trên toàn quốc. Còn tại cấp xã, cơ quan chuyên môn về văn hoá - xã hội trực thuộc UBND cấp xã là đầu mối thực hiện chức năng quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm, bố trí công chức có chuyên môn phù hợp đảm nhiệm.
Bộ Chính trị giao Đảng ủy Quốc hội, Đảng ủy Chính phủ lãnh đạo, chỉ đạo các cơ quan liên quan rà soát, hoàn thiện hệ thống pháp luật về an toàn thực phẩm theo hướng thống nhất một đầu mối từ Trung ương đến địa phương, tạo hành lang pháp lý đồng bộ, thống nhất và khả thi để các địa phương triển khai thực hiện.