Kể từ khi thành lập đến nay, ngôi chùa đã bị hỏa hoạn nhiều lần. Hầu hết các tòa nhà hiện tại được xây dựng lại bởi Đại tướng quân Tokugawa Iemitsu đời thứ ba, thuộc giai đoạn đầu của thời Edo (1631-1633).

Ngôi chánh điện chùa được xếp vào hạng báu vật quốc gia. Chùa Thanh Thủy còn nhiều di sản văn hóa quan trọng khác, như cổng Deva phía Tây, ngôi tháp ba tầng và tháp chuông. Năm 1994, chùa được UNESCO đưa vào danh sách Di sản văn hóa thế giới như là một trong những di tích lịch sử quan trọng của Kyoto cổ đại.

Chùa có hai công trình kiến trúc nổi tiếng nhất: Thứ nhất là ngôi chánh điện, nơi tôn thờ tôn tượng Bồ-tát Quán Thế Âm bằng đồng ngàn tay ngàn mắt. Thứ hai là ban-công Kiyomizu, được xây dựng theo một phương thức đặc biệt, những cột lớn bằng gỗ keyaki cao 12 mét lắp ráp không cần đinh, sàn nhà được ghép từ hơn 410 miếng gỗ bách. Nếu nhìn cảnh quan trung tâm thành phố Kyoto từ ban công này thì thật tuyệt vời.

Chùa Thanh Thủy (Kiyomizu-dera) được đặt tên theo thác nước Otowa, bắt nguồn trên núi và đổ xuống khuôn viên chùa. Bên dưới ngôi chánh điện là thác Otowa, nơi ba dòng nước cùng đổ vào một hồ lớn, du khách có thể hứng uống vì nước rất tinh khiết. Người ta tin rằng nếu ai uống được nước này thì mọi ước nguyện đều được thành tựu.

Trong khuôn viên chùa có nhiều công trình kiến trúc khác. Có đến mười lăm công trình kiến trúc được sơn những màu sắc sặc sỡ cùng những điện thờ.

Vẻ đẹp chùa Thanh Thủy càng được tăng thêm khi hoa anh đào nở với cỏ cây xanh tươi vào mùa xuân, và lá cây đa sắc màu vào mùa thu.

Vào năm 2007, chùa Thanh Thủy là một trong số 21 địa điểm lọt vào vòng chung kết đợt bình chọn bảy kỳ quan mới của thế giới.