Một nghiên cứu trên các mẫu hải sản mới đây tại Mỹ cho thấy cá rô phi đã được xử lý bằng oxytetracycline. Các nghiên cứu khác cho thấy cá rô phi có xuất xứ từ Trung Quốc đã được tẩm chất nhuộm màu và kháng sinh. Mặc dù hàm lượng những chất này vẫn dưới mức quy định nhưng nếu ăn nhiều sẽ khiến cơ thể sản sinh ra chất kháng kháng sinh.
Cá rô phi có chứa hàm lượng cao thuốc trừ sâu DDT và PAH, nghĩa là có nguồn gốc từ những khu vực bị ô nhiễm công nghiệp.Ngoài ra còn có vi khuẩn và kim loại nặng.
Thức ăn của cá rô phi là tảo, thực vật dưới nước côn trùng sống trong nước nên dễ thích nghi với thức ăn rẻ tiền được làm từ thực phẩm biến đổi gien như ngô và đậu tương.
Rất nhiều chuyên gia tin rằng lợi ích của việc ăn cá và hải sản là thu được nhiều axit béo no (PUFA). Tuy nhiên, vì tại rất nhiều nơi cá rô phi không được cho ăn thức ăn tự nhiên lên hàm lượng omega-3 trong cá rô phi thấp hơn các loại cá khác.
Cá rô phi là một trong những loại được nuôi vì mục đích thương mại nên chứa nhiều geosmin và methylisoborneol nên thịt cá rô phi không ngon nữa. Điều đáng nói là geosmin và methylisoborneol được tích tụ nhiều trong một trường nước không đạt tiêu chuẩn.
Một số vùng nơi cá rô phi được nuôi nhiều như Trung Quốc đang phải đối mặt với vấn đề ô nhiễm kim loại nặng nên cá rô phi chứa hàm lượng cao crom, đồng, niken, chì và kẽm.
Cá rô phi được nuôi theo kiểu gà công nghiệp nên để đảm bảo năng suất, người ta thường dùng steroid – một dạng testosterone có tên là methyl testosterone để ngừng sinh sản, do vậy tất cả cá rô phi bị biến thành cá đực.
