Tọa lạc ở số 1408, đường 3 Tháng 2, quận 11 TP HCM, chùa Phụng Sơn là một ngôi cổ tự lừng danh của đất Sài Gòn xưa.
Chùa được thiền sư Liễu Thông (1754-1840) tạo lập vào đầu thế kỷ 19, dưới triều vua Gia Long trên nền của một ngôi chùa Chân Lạp cổ, nằm trên một đồi nhỏ bao quanh là ao Bàu Chuông có trồng sen.
Tương truyền, trên đường đi vân du vào phủ Gia Định, thiền sư Liễu Thông trông thấy cảnh trí nơi này thanh tịnh, thích hợp cho việc tu hành, nên dựng một am tranh tại đây, và được người dân quanh vùng gọi bằng một cái tên dân dã là chùa Gò.
Một hôm, có một con chim phụng đến đậu trên cây ngô đồng trước am cất tiếng gáy, thiền sư cho đó là điềm lành, nên đặt tên chùa là Phụng Sơn Tự, có nghĩa chùa trên núi có chim phụng.
Năm 1904, am lá được xây cất lại. Và kể từ đó cho đến nay, chùa có hai lần trùng tu lớn, đó là vào thời hòa thượng Huệ Minh trụ trì (1904 -1915) và vào năm 1960.
Năm 1963, hòa thượng Thích Phước Quang cho xây lại cổng tam quan, do kiến trúc sư Nguyễn Bá Lăng vẽ kiểu. Tuy được trùng tu lại vài lần, nhưng chùa vẫn theo kiến trúc cổ với bộ khung gỗ và mái ngói âm dương.
Về tổng thể, chùa Phụng Sơn xây theo kiểu chữ "quốc", dài trên 40 m, rộng gần 20m, có hàng hiên chạy quanh bốn phía. Bên trong chùa chia ra hai khu rõ rệt, phía trước là chính điện, cách một sân lộ thiên, phía sau là nhà giảng. Các cột ở chính điện đều làm bằng gỗ tốt, lâu ngày đã trở nên đen bóng.
Chùa bài trí kiểu "tiền Phật, hậu Tổ". Điện Phật có nhiều tượng Phật xưa bằng gỗ, thiếp vàng chạm trổ mỹ thuật. Tổng cộng chùa có khoảng 40 pho tượng thờ.
Khuôn viên chùa còn nhiều công trình khác như vườn tháp tổ, các khu vườn cảnh, nhà khách... được bài trí hài hòa.
Chùa Phụng Sơn còn in đậm nét sự có mặt của tín ngưỡng dân gian, bên hành lang chánh điện thờ Linh Sơn Thánh Mẫu, một trong những vị nữ thần được tôn kính và thờ tự phổ biến ở miền Nam. Trong khuôn viên chùa cón có ngôi miếu nhỏ thờ Ông Tà (Neak Tà), là một nét văn hóa phổ biến của người Khmer.
Không chỉ là một công trình kiến trúc mang nhiều giá trị về lịch sử, văn hóa, mỹ thuật, chùa còn nằm trên một di tích khảo cổ học quan trọng của Sài Gòn.
Vào các năm 1988 và 1991, các nhà khảo cổ học đã tìm thấy trong khuôn viên chùa những mặt người bằng đất nung, đồ gốm... thuộc văn hóa Óc Eo. Ở đây người ta cũng đã tìm thấy một tượng Phật bằng đồng theo phong cách Thái Lan, có niên đại nhiều thế kỷ, hiện được bày trong chính điện.
Vào năm 1988, chùa Phụng Sơn đã được xếp hạng là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia.
