Do tuyến đường cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ đang có điểm kết thúc tại Hà Nội xung đột trực tiếp với đường Vành đai 3 tại nút Pháp Vân (Hoàng Mai) nên từ năm 2015, đại diện Chính phủ đã giao Bộ GTVT nghiên cứu cải tạo nút giao này với mục tiêu xóa xung đột, giảm lưu lượng xe dồn về nút giao Pháp Vân.
Năm 2016, nhà đầu tư dự án cải tạo, nâng cấp đường Pháp Vân – Cầu Giẽ đã lập thiết kế thi công nút, trong đó đường cao tốc đi ngầm qua đường Vành đai để giảm xung đột với tổng mức đầu tư 1.500 tỷ đồng. Hình thức đầu tư thực hiện bằng huy động vốn BOT. Do lo ngại, phương án này sẽ kéo dài thời gian thu phí trên cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ nên Bộ GTVT đã không đồng ý, muốn tìm phương án đầu tư khác.
Năm 2017, lãnh đạo UBND thành phố Hà Nội có văn bản gửi Thủ tướng đề xuất được thực hiện dự án theo hình thức BT và hoàn thành dự án vào năm 2020. Tuy nhiên, sau khi được lãnh đạo Chính phủ chấp thuận giao cho Hà Nội triển khai, đến nay dự án vẫn đang giậm chân tại chỗ.
Việc dự án chậm trễ trong triển khai đã khiến giao thông tại nút Pháp Vân - Vành đai 3 ngày càng ùn tắc nghiêm trọng.
Do phương tiện lưu thông tại nút giao cả đường bên trên và bên dưới tại nút Pháp Vân theo hình thức "xếp gạch" nên không tránh được va chạm, tai nạn.
Khi nút Pháp Vân ùn tắc, sẽ kéo theo các tuyến đường dẫn đến nút giao này như cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ, đường Vành đai 3 trên cao và dưới thấp, Quốc lộ 1 hướng Văn Điển... đều ùn tắc nghiêm trọng theo.
Cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ về Hà Nội ùn tắc hàng km trong đợt nghỉ lễ Giỗ Tổ vừa qua do nút Pháp Vân và đoạn đường dẫn lên đường Vành đai 3 trên cao ùn tắc.
Phân tích nguyên nhân ùn tắc tại nút Pháp Vân thời gian qua, Trung tá Hà Văn Tuân, Đội trưởng Đội CSGT số 14, Phòng CSGT Hà Nội cho biết, ngoài lượng xe cá nhân đông, hiện toàn bộ xe tải, container muốn vào hoặc quá cảnh qua Hà Nội từ phía Nam đều phải đi qua nút Pháp Vân.
