Khu hệ đất ngập nước Bàu Sấu (Đồng Nai): Toàn bộ hệ đất ngập nước Bàu Sấu nằm ở vị trí trung tâm khu Nam Cát Tiên, VQG Cát Tiên. Nơi đây có hàng chục loài sống mật thiết với các vùng đất ngập nước, bao gồm cả các loài bản địa và các loài chim di trú.
Bên cạnh đó, hệ sinh thái, động thực vật tại khu vực Bàu Sấu rất phong phú với các loài động vật quý hiếm như tê giác Java, voi châu Á, gấu chó, gấu ngựa, hổ, báo, các loài chim quý hiếm…
Khu vực này cũng là môi trường sống của loài cá sấu, loài vật đang trong tình trạng bảo tồn ở mức rất nguy cấp (CR) theo Sách đỏ Việt Nam (2007) và Danh lục đỏ của IUCN (2012).
VQG Côn Đảo (Bà Rịa-Vũng Tàu): Với tổng diện tích tự nhiên: 19.883,15 ha, nơi đây ghi nhận trên 1.000 loài thực vật có mạch và nhiều loại chim, thú, bò sát... Có nhiều loài chim ở Côn Đảo không tìm thấy ở bất kỳ một nơi nào khác ở Việt Nam như chim nhiệt đới, chim điên mặt xanh...
Hệ sinh thái biển của VQG có rừng ngập mặn, các rạn san hô và cỏ biển. Các cuộc điều tra đã ghi nhận có trên 1.300 loài động thực vật biển. Đặc biệt, Côn Đảo là nơi tồn tại quần thể nhỏ của loài thú biển bị đe dọa tuyệt chủng trên toàn cầu là loài bò biển Dugong.
Ngoài ra, VQG Côn Đảo là nơi làm tổ quan trọng của loài vích và đồi mồi, hai loài rùa biển đang bị đe dọa tuyệt chủng trên toàn cầu. Ngoài ra, một số các loài động vật biển có vú cũng đã được ghi nhận tại đây.
Khu bảo tồn đất ngập nước Láng Sen (Đồng Tháp Mười): Rộng tới hơn 5.000Ha, tại đây có một số lượng cảnh quan tự nhiên khá lớn như: rừng tràm, cù lao, đầm lầy, sông ngòi, hay thậm chí đồng cỏ.
Qua khảo sát, vùng Láng Sen có 156 loài thực vật hoang dã, 149 loài động vật có xương sống, trong đó có 13 loài nằm trong Sách Đỏ Việt Nam như trăn đất, rắn ráo, chim bạc má, ác là…
Ngoài động vật, nơi đây còn có thảm thực vật tự nhiên ven sông rạch phong phú. Vào mùa khô, đây còn là chỗ trú ẩn của các loài bò sát như rắn ri, rùa, cua đinh, lươn, cá lóc…
VQG U Minh Thượng (Kiên Giang): Đây là 1 trong 2 khu vực quan trọng nhất của rừng đầm lầy than bùn còn lại ở Việt Nam (khu vực khác là U Minh Hạ).
Hệ sinh thái rừng tràm trên đất than bùn trở thành một hệ sinh thái có tầm quan trọng đặc biệt, là nơi nuôi dưỡng, trú ngụ của hàng trăm loài động vật hoang dã, bao gồm cả chim, thú, bò sát, lưỡng cư, cá, côn trùng...
Theo dữ liệu khảo sát từ kiểm kê rừng năm 1995, vùng đất ngập nước nổi tiếng này có tới 8.053ha rừng nguyên sinh, trong đó có 3.000ha rừng nguyên sinh được hình thành từ khoảng 6.000 năm trước với độ dày từ 0,3-1,5m.
