Ngày 1/1/2019, Bộ Công an cho biết Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03) đã phối hợp với các đơn vị nghiệp vụ của Bộ Công an ra quyết định bắt khẩn cấp đối với Ngô Bá Thắng, Giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, để điều tra về hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật của Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh chi nhánh Long An nhằm che giấu doanh số thu phí, trốn thuế xảy ra tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc TP HCM - Trung Lương.
Trốn thuế tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc TP HCM - Trung Lương, Ngô Bá Thắng, Giám đốc chi nhánh thuộc Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, cùng 4 người khác đã bị bắt khẩn cấp.

Cùng bị bắt với Thắng còn có Trần Văn Miền, phó giám đốc chi nhánh Long An kiêm trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Tô Phước Hùng, kế toán trưởng Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Nguyễn Thị Kim Huệ, kế toán Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Nguyễn Văn Hiền, giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi.

Quá trình khám xét đã thu giữ một số tài liệu, chứng cứ điện tử xác định các đối tượng nêu trên có hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật để trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách của nhà nước.

Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03) đang tiến hành điều tra mở rộng để xử lý các đối tượng theo đúng quy định của pháp luật và thu hồi tài sản cho nhà nước.
Liên quan đến quyền thu phí cao tốc TP.Hồ Chí Minh-Trung Lương, trước đó Bộ Giao thông Vận tải có kế hoạch hỗ trợ dự án đường cao tốc Mỹ Thuận-Cần Thơ bằng quyền thu phí cao tốc TP.Hồ Chí Minh-Trung Lương.

Tuy nhiên, Bộ Giao thông Vận tải đã phải thay đổi kế hoạch này vì Luật Quản lý và sử dụng tài sản công được ban hành có hiệu lực từ 1/1/2018, theo đó việc sử dụng tài sản công hỗ trợ cho dự án có thay đổi. Cụ thể là quyền thu phí đường cao tốc TP.Hồ Chí Minh-Trung Lương phải được thực hiện theo Luật Đấu giá chứ không giao cho nhà đầu tư thu phí như phương án ban đầu.