Ngày 23 tháng 02 năm 2016, được sự phê duyệt của Cục Đăng Kiểm Việt Nam, Yamaha Motor Việt Nam công bố triệu hồi 880 chiếc xe môtô Yamaha R3 tại Việt Nam nằm trong diện ảnh hưởng được sản xuất từ tháng 06/2015 đến tháng 06/2016 với dải số khung từ MH3RH0760FK001001 đến MH3RH0760GK001880.
Như vậy, dòng xe R3 tại Việt Nam đã được triệu hồi muộn hơn so với một số thị trường khác như Mỹ, Indonesia, Đài Loan... khi hãng bắt đầu mở các chiến dịch triệu hồi tại những nước này từ đầu tháng. Nguyên nhân của đợt triệu hồi này là do một số lỗi trên xe YZF-R3 có thể gây ảnh hưởng tới hiệu quả vận hành của xe.
Trong đó, lỗi đầu tiên liên quan tới ổ khóa điện của xe khi nước lẫn tạp chất chảy vào ổ khóa và đọng lại trên bộ chuyển mạch dẫn tới khả năng các điểm tiếp xúc bị mài mòn. Trường hợp xấu nhất, dòng điện có thể bị ngắt và xe có thể bị chết máy khi xe đang chạy.
Lỗi thứ 2 liên quan tới bình xăng lớn của xe, khi giá đỡ bình xăng có thể chạm vào bình xăng do kích thước giá đỡ không phù hợp. Trên một số xe, động cơ hoạt động truyền động rung tới bình xăng, dẫn tới vị trí hàn phía dưới bình xăng có thể bị gãy. Trường hợp xấu nhất sẽ xảy ra hiện tượng chảy xăng.
Theo Yamaha Việt Nam, tới nay hãng chưa ghi nhận sự cố nào xảy ra do những lỗi này. Từ ngày 23 tháng 02 năm 2017, Yamaha Motor Việt Nam bắt đầu triển khai việc thay thế miễn phí các phụ tùng trong diện triệu hồi bằng phụ tùng đã được cải tiến tại hệ thống Yamaha Sport Shop trên toàn quốc. Sau khi hoàn thành việc thay thế, nhân viên đại lý dán tem chữ “Y” bên cạnh số khung để xác nhận đã hoàn thành việc sửa chữa.
Những khách hàng đang sử dụng R3 có thể trung tâm chăm sóc khách hàng của Yamaha hoặc liên hệ với các đại lý Sport Shop gần nơi sống để được hướng dẫn chi tiết và đặt lịch, sắp xếp kế hoạch thay thế phụ tùng một cách thuận tiện nhất. Trên Thế giới, đợt triệu hồi này của Yamaha còn ảnh hưởng tới các dòng xe khác như MT25, MT03 và R25 từ đời 2016 trở về trước.
Vào mùa hè năm ngoái, R3 cũng đã từng bị triệu hồi một lần tại Việt Nam do lỗi thiết kế van bơm dầu không hợp lý và vòng bi ly hợp được chế tạo bằng vật liệu không thích hợp. Ra mắt vào ngày 18/9/2015, cho tới nay R3 vẫn là dòng xe phân khối lớn phân phối chính hãng duy nhất của Yamaha tại Việt Nam. Phiên bản R3 đang được bán tại Việt Nam thuộc đời 2015, chỉ có duy nhất một màu và không thay đổi cho tới nay.
Trên Thế giới, R3 được bán với 3 màu khác nhau và đã có các phiên bản 2016 - 2017, nhưng chỉ khác biệt ở thiết kế tem và màu sắc. Khi ra mắt, mẫu xe môtô thể thao R3 được bán qua hình thức đặt hàng online với giá 150 triệu đồng tuy nhiên từ đầu năm 2016, chiếc xe được bán tại các đại lý Sport Shop mà không cần đặt hàng trước với giá 155 triệu đồng.
