Sách Đại Việt Sử ký toàn thư của sử gia Ngô Sĩ Liên ghi lại: Bính Tuất (1226), mùa thu, tháng 8, ngày mồng 10, thái sư Trần Thủ Độ giết Lý Huệ Tông ở chùa Chân Giáo.

Trước đó, Thượng hoàng nhà Lý có lần ra chơi chợ Đông, dân chúng tranh nhau chạy đến xem, có người thương khóc. Thủ Độ sợ lòng người nhớ vua cũ, sinh biến loạn, cho dời đến ở chùa Chân Giáo; bề ngoài giả vờ là để phụng sự, nhưng bên trong thực ra là để dễ bề giữ chặt.

Có lần Thủ Độ qua trước cửa chùa, thấy Huệ Tông ngồi xổm nhổ cỏ, Thủ Độ nói: "Nhổ cỏ thì phải nhổ cả rễ sâu". Huệ Tông đứng dậy, phủi tay nói: "Điều ngươi nói, ta hiểu rồi".

Đến nay, Thủ Độ sai người bày biện hương hoa đến bảo Huệ Tông: "Thượng phụ (tức Thủ Độ) sai thần đến mời". Thượng hoàng nhà Lý nói: "Ta tụng kinh xong sẽ tự tử". Huệ Tông thắt cổ tự tử ở vườn sau chùa.

Thủ Độ ra lệnh cho các quan đến khóc, khoét tường thành phía Nam (người bấy giờ gọi là "cửa khoét"), đưa linh cữu ra phường Yên Hoa để thiêu, chứa xương vào tháp chùa Bảo Quang, tôn miếu hiệu là Huệ Tông. Hoàng hậu của Huệ Tông bị giáng làm Thiên Cực công chúa, gả cho Trần Thủ Độ.

Nhâm Thìn (1232), tháng 8, Trần Thủ Độ giết hết tôn thất nhà Lý. Khi ấy, Thủ Độ chuyên chính lâu ngày, đã giết Huệ Tông, tôn thất nhà Lý đều bùi ngùi thất vọng.

Mùa đông năm ấy, nhân người họ Lý làm lễ tế các vua Lý ở Thái Đường, Hoa Lâm (huyện Tiên Sơn, Bắc Ninh ngày nay), Thủ Độ ngầm đào hố sâu, làm nhà lên trên, đợi khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống hết.

Sử sách cũng ghi lại trước khi thắt cổ tự tử, Huệ Tông có khấn rằng: "Thiên hạ nhà ta đã vào tay ngươi, ngươi lại còn giết ta, ngày nay ta chết, đến khi thác con cháu ngươi cũng sẽ bị như thế".

Sau này, vì sợ "lời nguyền" của Huệ Tông, cũng như lo người ngoài cướp ngôi, tôn thất nhà Trần đã cố gắng duy trì dòng tộc bằng cách kết hôn cận huyết. Điển hình như Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn lấy vợ Thuận Thiên công chúa, cũng là cô ruột của ông. Hay như vua Trần Thánh Tông lấy Thiên Cảm công chúa, là chị em con chú bác... Ngay cả Thiên Cực công chúa - Linh từ quốc mẫu Trần Thị Dung, người lấy Thủ Độ cũng là chị họ của ông

Khi luận bàn chuyện này trong cuốn Đại Việt Sử ký toàn thư, Ngô Sĩ Liên nói: "Vua đã bất chính trong đạo vợ chồng, cho nên người làm tôi con cũng bắt chước. Vả lại, hôn nhân không lấy người khác họ mà lấy người cùng họ, thì chỉ có nhà Trần làm thế. Trong việc trái lễ, lại trái lễ nữa".

Dù vậy, việc kết hôn trong dòng họ, giữa những hoàng thân quốc thích cuối cùng cũng không thể ngăn nhà Trần khỏi bị cướp ngôi. Hồ Quý Ly, nhờ có hai người chị em họ được lập làm ái phi của vua Minh Tông mà vào làm quan trong triều, được Minh Tông hết sức ưu ái.

Sau này, Hồ Quý Ly ngày càng nắm giữ nhiều quyền cao chức trọng, lộng quyền giữa triều đình, bức tử chết hai vua Phế Đế, Thuận Tông. Chỉ có Phế Đế là được sống vì là cháu ngoại Quý Ly. Những đại thần của triều đình như Thái bảo Trần Hãng, Thượng tướng quân Trần Khát Chân mưu giết Quý Ly không thành, bị giết.

Năm 1400, Hồ Quý Ly chính thức lập nên nhà Hồ, chấm dứt lịch sử 175 năm của nhà Trần. "Lời nguyền" của Huệ Tông đã ứng nghiệm đúng như ông đã nói: Tôn thất nhà Trần, con cháu của Trần Thủ Độ sau này bị soán ngôi, bức hại giống như cách Thủ Độ bức tử Huệ Tông.

Dù là khai quốc công thần của nhà Trần, nhưng tội giết vua và tư thông với hoàng hậu của Thủ Độ vẫn bị sử sách ghi lại đầy đủ, phán xét công bằng. Nhận xét về quả báo Trần Thủ Độ gây ra cho con cháu sau này, sử gia Ngô Sĩ Liên viết:

"Mình làm thế nào thì phải chịu thế ấy, đạo trời là như vậy đó. Dù không có lời nguyền của Huệ Tông, cũng tin là phải thế. Thủ Độ coi việc đó là hết lòng trung, lo việc nước, nhưng có biết đâu thiên hạ đời sau chỉ mặt gọi là giặc giết vua, huống chi lại còn làm thói chó lợn (ám chỉ Thủ Độ tư thông với hoàng hậu)".