Không chỉ là di tích lịch sử mang tính biểu tượng của phố cổ Hội An, Chùa Cầu còn gắn với một giai thoại ly kỳ về một loài thủy quái vô cùng đáng sợ.
Theo đó, những người Nhật đầu tiên qua Hội An sinh sống thường xuyên nhìn thấy trên mặt sông Hoài hay xuất hiện sống lưng con Namazu. Đó là một con cá trê quái vật có kích thước rất lớn, đầu nằm ở Ấn Độ mà đuôi ở tận Nhật Bản.
Con thuỷ quái này mỗi khi trở mình hay quẫy đuôi sẽ khiến cả lục địa châu Á rung chuyển, còn đất nước Nhật bị động đất dữ dội, thậm chí có cả núi lửa phun trào, gây đại họa. Sự hiện diện của Namazu ở Hội An là một điềm dữ cho cuộc sống của người Nhật ở đây.
Để hạn chế sự tàn phá của Namazu, người Nhật khi qua định cư tại Hội An đã cố tìm những người giỏi về phong thủy để xem thế đất, cắm điểm dựng đền thờ. Và Chùa Cầu đã được dựng lên trong bối cảnh như vậy.
Theo quan niệm của người Nhật, Chùa Cầu Hội An là biểu tượng của một thanh kiếm đâm xuống lưng con quái vật Namazu, khiến nó không quẫy đuôi để gây ra thảm họa.
Các tư liệu cổ của người Hoa ở Hội An cũng nhắc đến loài thủy quái tương tự, được gọi là con Cù. Loài thủy quái này thường xuyên ẩn mình dưới đáy bùn nước, khi giông bão đến, nó tỉnh giấc trở mình quẫy đuôi làm nước sông dâng ngập cả phố cổ gây nhiều thiệt hại cho dân cư.
Để yểm trừ, cộng đồng người Hoa đã xây thêm miếu thờ, đắp tượng thần rồi làm rễ rước Huyền Thiên đại đế, Quan Văn Trấn Vũ, các vị thần linh về Chùa Cầu thờ tự nhằm ngăn chặn tai họa mà thuỷ quái gây ra...
Có lẽ, truyền thuyết Chùa Cầu bắt nguồn từ một thực tế lịch sử là mỗi năm đến mùa mưa, nước sông Hoài dâng cao, gây nhiều khó khăn cho cuộc sống và sinh kế của con người. Và Chùa Cầu là một sự gửi gắm ước nguyện về cuộc sống bình an của các các cư dân Hội An thuở xưa.
Cũng theo quan niệm của người Hội An, kể từ khi Chùa Cầu được xây dựng, con thủy quái bị “yểm” đã rất giận dữ và tìm cách báo thù. Theo thời gian, bùa trấn yểm đã mất linh nghiệm khiến thủy quái lộng hành, trong những thập niên gần đây đã nhiều lần nhấn chìm Hội An trong biển nước.
Dù vậy, đó chỉ là một đức tin dân gian đang dần dần phai nhạt cùng những biến động của thời đại.
