Mặc dù tượng bán thân Nefertiti được một nhà khảo cổ người Đức phát hiện vào năm 1912 ở Ai Cập nhưng từ đó cho đến nay có nhiều tranh luận về việc đưa bức tượng này hồi hương cũng như tính xác thực của nó. Ngày nay, bức tượng cổ này được trưng bày ở Berlin. Đây là một trong những bí ẩn khảo cổ học gây tranh cãi nổi tiếng thế giới.
Ngọn đồi Tây Ban Nha nằm ở Pennsylvania đã trở thành chủ đề thảo luận gây tranh cãi giữa các nhà sử học và khảo cổ học trong suốt một thời gian dài. Cuộc tranh luận tập trung vào nguồn gốc của cấu trúc này cũng như những con đê tại đây. Thậm chí, nguồn gốc của tên ngọn đồi này cũng là một chủ đề gây tranh cãi.
Grolier Codex là cuốn sách của người Maya thời tiền Colombia lần đầu xuất hiện trong một bộ sưu tập tư nhân ở New York thế kỷ 20. Kể từ khi công bố, một cuộc tranh luận về tính xác thực của cuốn sách này đã bùng nổ.
Việc săn tìm kho báu đã trở thành chủ đề thảo luận gây tranh cãi giữa các bên khi ngày càng có nhiều người lao vào công cuộc tìm kiếm kho báu để đổi đời. Tuy nhiên, việc này khiến các chuyên gia khảo cổ, giới chức trách quan ngại trong việc bảo tồn các di chỉ khảo cổ.
Tấm bản đồ Piri Reis do đô đốc Piri Reis của hạm đội Thổ Nhĩ Kỳ vẽ năm 1513. Tấm bản đồ này mô tả về một vùng đất nối liền từ hướng nam với Nam Mỹ rất giống với đường bờ biển châu Nam Cực ngày nay. Tuy nhiên, giới chuyên gia đã tranh luận về tính xác thực của tấm bản đồ này và cho rằng vùng đất trên do đô đốc Piri Reis tưởng tượng ra và có sự trùng hợp đến ngẫu nhiên với bờ biển ngày nay.
Xác ướp người băng Otzi là một trong những xác ướp tự nhiên kỳ bí nhất. Được phát hiện ở dọc biên giới giữa Italy và Áo, những tranh luận gay gắt về cái chết của người băng Otzi đã bùng nổ. Có giả thuyết cho rằng người băng Otzi bị giết hại. Tuy nhiên, giả thuyết khác cho rằng người băng Otzi là nạn nhân của một nghi lễ hiến tế.
Skull 5 là một trong năm chiếc sọ được phát hiện ở Dmanisi, Georgia. Hộp sọ này có kích thước bất thường nên đã trở thành chủ đề tranh luận gay gắt. Một số hoài nghi liệu đây có phải là tổ tiên của người đứng thẳng (Homo erectus).
Cyrus Cylinder là cổ vật hình ống bằng gốm cổ xưa với những dòng chữ được viết bởi Achaemenid vua Cyrus Đại đế được phát hiện vào năm 1879 tại lãnh thổ Iraq ngày nay. Tranh luận về ý nghĩa những dòng chữ trên Cyrus Cylinder cho đến nay vẫn chưa kết thúc. Trong đó, có giả thuyết cho rằng đây là bằng chứng về việc trả tự do cho người Do thái sau khi bị lưu đày tại Babylon.
Hàng ngàn tảng đá nhìn giống những công cụ thời tiền sử được tìm thấy ở khu vực khảo cổ Calico Early Man thuộc miền nam California. Những mảnh đá này hơn 200.000 năm tuổi, và những lớp trầm tích khoảng 11.000 năm thuộc thời kỳ đồ đá. Cuộc tranh luận nổ ra về việc những công cụ đó do con người hay là do thiên nhiên.
Thành phố “mất tích” Atlantis là một trong những điều bí ẩn lớn nhất đánh đố nhân loại. Plato đã mô tả thành phố này giống như một hòn đảo lớn ngay gần núi Gibraltar. Cho đến ngày nay, vị trí chính xác của thành phố này vẫn là chủ đề gây tranh cãi. Có người cho rằng thành phố “mất tích” Atlantis ở Nam Mỹ hay ngoài khơi xa cách các hòn đảo của Hy Lạp hoặc gần Nam Cực.
