Qua điều tra ban đầu, Cơ quan CSĐT Công an TPHCM xác định, từ tháng 2/2021 đến tháng 9/2021, Bệnh viện TP Thủ Đức đã mua kit xét nghiệm của Công ty Việt Á sản xuất thông qua Công ty TNHH Thiết kế Xây dựng và dịch vụ Nam Phong (còn gọi là Công ty Nam Phong, do Phạm Vũ Phong làm giám đốc) với tổng số tiền gần 39 tỷ đồng (đơn giá 470.000 - 509.250 đồng/kit) theo 1 gói thầu với hình thức chào hàng cạnh tranh và 37 gói thầu với hình thức mua sắm chỉ định thầu rút gọn.

Việc Bệnh viện TP Thủ Đức mua kit xét nghiệm thông qua Công ty Nam Phong là theo chỉ định của Công ty Việt Á với mục đích là nâng giá trước khi bán vào Bệnh viện TP Thủ Đức. Công ty Nam Phong được chiết khấu từ 30 đến 40% (tương đương gần 11 tỷ đồng).

Để hợp thức hóa cho hồ sơ chỉ định thầu, Bệnh viện TP Thủ Đức yêu cầu và hướng dẫn Công ty Nam Phong làm 3 bảng báo giá gồm: báo giá của Công ty Nam Phong theo giá của Công ty Việt Á và bảng báo giá của 2 công ty còn lại là Công ty GENE (Công ty của bạn Phong) và Công ty NP-SG (công ty do Phạm Vũ Phong thành lập và nhờ em gái Phong đứng tên) có giá cao hơn đơn giá của Công ty Nam Phong.

Sau đó, Bệnh viện TP Thủ Đức hợp thức hóa thủ tục chỉ định thầu cho Công ty Nam Phong. Việc Công ty Nam Phong nâng giá bán kit xét nghiệm do Công ty Việt Á sản xuất cho Bệnh viện TP Thủ Đức để hưởng chênh lệch hoa hồng gây thiệt hại cho Bệnh viện TP Thủ Đức và cũng là tài sản Nhà nước gần 11 tỷ đồng. Tại Cơ quan điều tra, Phong và Trương Thị Bảo Trân - nhân viên Bệnh viện TP Thủ Đức thừa nhận toàn bộ hành vi sai phạm.

Từ những tài liệu, chứng cứ thu thập được, Cơ quan CSĐT Công an TPHCM đã tống đạt quyết định khởi tố vụ án “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, “Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ” xảy ra tại Công ty Việt Á, Bệnh viện TP Thủ Đức, Công ty Nam Phong.

Đồng thời, tống đạt quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam Phạm Vũ Phong - Giám đốc Công ty Nam Phong về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, "Đưa hối lộ” và khởi tố Trương Thị Bảo Trân - nhân viên Bệnh viện TP Thủ Đức về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, “nhận hối lộ”. Cơ quan điều tra cũng áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Trân do đối tượng đang nuôi con nhỏ dưới 36 tháng tuổi và đã nộp toàn bộ số tiền nhận hối lộ để khắc phục hậu quả.

Theo Công an TPHCM, việc phát hiện, khởi tố vụ án và các bị can nêu trên thể hiện sự quyết tâm, quyết liệt trong việc thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, lãnh đạo Bộ Công an, Ban Giám đốc Công an TP Hồ Chí Minh trong việc điều tra, xử lý các vi phạm liên quan đến Công ty Việt Á. Đồng thời, thể hiện sự khẩn trương, tích cực, kịp thời đối với chuỗi các hành vi vi phạm pháp luật của Công ty Việt Á và các tổ chức, cá nhân liên quan trong sản xuất, kinh doanh kit xét nghiệm COVID-19, góp phần xử lý nghiêm các đối tượng lợi dụng tình hình dịch bệnh COVID-19 để trục lợi, giải tỏa bức xúc trong dư luận.