Ngôi chùa Phi Lai ở thị trấn Ba Chúc, huyện Tri Tôn, tỉnh An Giang là một trong những chứng tích tiêu biểu nhất về tội ác của Khmer Đỏ ở Việt Nam nam 1978.
Chùa vốn là một tự viện danh tiếng của đạo Tứ Ân Hiếu Nghĩa, được xây dựng vào 1887. Trong kháng chiến chống Pháp, công trình đã nhiều lần bị thực dân Pháp đến đốt phá và phải qua nhiều lần trùng tu mới có diện mạo như hiện tại.
Sự kiện bi thảm nhất trong lịch sử chùa Phi Lai đã xảy ra vào chiều ngày 20/4/1978, khi quân Khmer Đỏ của Polpot từ Campuchia vượt biên giới tràn vào thị trấn Ba Chúc.
Tại chùa Phi Lai, quân Polpot đã bắn xối xả, tung lựu đạn giết chết tại chỗ hơn 80 người đang ẩn náu ở đây. Những người dân hốt hoảng tháo chạy ra cửa bị bọn chúng dùng gậy đập vào đầu hoặc bắn chết hơn 100 người nữa.
Có 40 người đang ẩn trốn dưới bàn thờ Phật, cũng bị ném lựu đạn làm chết 39 người, chỉ một phụ nữ còn sống sót nhờ nép trong góc và nhờ những xác người che chắn.
Sau khi chạy lánh nạn, ngày 30/4/1978, người dân Ba Chúc gồng gánh trở về. Vào chùa Phi Lai, họ thấy rất nhiều vết máu in trên tường vách.
Phía trước chính điện, máu lẫn nước vàng tràn ngập. Khắp nơi mùi tử khí bốc lên nồng nặc, bởi rất nhiều xác chết nằm ngồi đủ kiểu, đang thối rữa...
Theo thống kê, số người bị thảm sát ở toàn bộ thị trấn Ba Chúc là 3.157 người dân thường. Gần 200 người bị giết ở chùa Phi Lai.
Hiện nay Nhà mồ Ba Chúc ở cạnh chùa Phi Lai trưng bày 1.159 bộ hài cốt, số còn lại đã được thân nhân đem chôn, hoặc nằm lại trong những hang sâu trên núi Tượng...
Chùa Phi Lai đã trở thành một địa điểm tiêu biểu nằm trong Khu chứng tích tội ác diệt chủng Polpot, tại Ba Chúc, được nhà nước Việt Nam công nhận là di tích lịch sử cấp quốc gia.
