Chủ mưu chiếm đoạt tài liệu mật: Tháng 5/2019, Bộ Công an khởi tố vụ án xảy ra tại Công ty Nhật Cường và một số đơn vị. Kết quả điều tra xác định ông Chung và vợ là bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Để nắm thông tin và tài liệu điều tra, ông Chung thông qua ông Phan Huy Lệ để làm quen với Phạm Quang Dũng (cựu cán bộ công an, một trong 4 bị cáo). Ngày 16/6/2019, khi ông Chung đặt vấn đề, Dũng đã đồng ý thu thập, cung cấp thông tin, tài liệu về kết quả điều tra vụ Nhật Cường.
Dịp Tết Nguyên đán 2020, ông Chung thông qua lái xe Nguyễn Hoàng Trung, đã đưa cho Dũng phong bì đựng 10.000 USD. Sau đó, từ tháng 8/2019 đến tháng 3/2020, Dũng nhiều lần chụp trộm 6 tài liệu mật để tuồn cho ông Chung khi họ gặp nhau tại nhà riêng của cựu Chủ tịch Hà Nội, hoặc qua ứng dụng Viber và tài xế Trung.
Nhận tài liệu mật, ông Chung chuyển cho Nguyễn Anh Ngọc (thư ký riêng) và tài xế Trung để họ chỉnh sửa tài liệu, che phần chữ ký của điều tra viên khi in ra giấy, đưa lại cho ông Chung. Ngày 11/12/2020, ông Chung bị TAND Hà Nội tuyên 5 năm tù. Phạm Quang Dũng lĩnh 4 năm 6 tháng tù. Nguyễn Hoàng Trung và Nguyễn Anh Ngọc lần lượt nhận 24 tháng và 18 tháng tù.
"Tiếp tay" cho Công ty Nhật Cường trúng thầu: Theo VKS, từ 2016 đến cuối 2018, Sở KH&ĐT Hà Nội làm chủ đầu tư thực hiện 2 gói thầu số hóa hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn thành phố các năm 2016 và 2017. Do có mối quan hệ từ trước, Bùi Quang Huy (Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường) 2 lần gửi email cho ông Chung qua địa chỉ chunghinhsu@... Trong thư, Huy đề xuất cho dừng tất cả gói thầu số hóa ở thành phố để giao cho Công ty Nhật Cường thực hiện.
Sau đó, ông Chung lợi dụng chức vụ, yêu cầu Sở KH&ĐT chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu trái quy định và cho Công ty Nhật Cường thí điểm số hóa để cho doanh nghiệp này tham gia đấu thầu. Đồng thời, Công ty Minh Hoa (do vợ ông Chung làm giám đốc) đã ký hợp đồng kinh tế khống với Công ty Nhật Cường, giúp liên doanh Nhật Cường - Đông Kinh hợp thức hóa hồ sơ năng lực để dự thầu, trúng thầu và hưởng lợi gần 20 tỷ.
VKS cho rằng ông Chung và các bị can có hành vi phạm tội ngang nhau, có tính chất đồng phạm. Bùi Quang Huy là người khởi xướng, chủ mưu, chỉ huy thực hiện tội phạm. Với việc bị truy tố theo khoản 1 Điều 281 Bộ luật Hình sự 1999, ông Chung đối diện hình phạt cải tạo không giam giữ đến 3 năm hoặc phạt tù 1-5 năm.
Chỉ đạo mua Redoxy 3C thông qua công ty của gia đình: Ông Chung bị VKSND truy tố do chỉ đạo Công ty Thoát nước Hà Nội mua chế phẩm Redoxy 3C trái quy định từ Công ty Arktic (do vợ của ông Chung thành lập), gây thiệt hại hơn 36 tỷ đồng. Theo cáo buộc, tháng 5/2016, ông Chung lập đoàn đại biểu sang Hà Lan, Đức, Pháp để tham quan, làm việc. Nguyễn Trường Giang (Giám đốc Công ty Arktic) không phải cán bộ UBND nhưng được ông Chung cho phép đi cùng đoàn. Thông qua chuyến công tác, UBND Hà Nội đặt hàng hãng Watch Water (ở Đức) chế tạo Redoxy 3C để xử lý ô nhiễm sông, hồ trên địa bàn.
Ngày 8/8/2016, hãng này ký văn bản thỏa thuận rồi cấp chứng nhận cho Công ty Arktic phân phối độc quyền chế phẩm Redoxy 3C. Sau khi Giang nhập 100 kg hóa chất theo chỉ đạo của ông Chung, cuối tháng 7/2016, chế phẩm được thử nghiệm ở hồ Hoàn Kiếm. Lúc đó, ông Chung chỉ đạo Võ Tiến Hùng (cựu Tổng giám đốc Công ty Thoát nước Hà Nội) mua chế phẩm Redoxy 3C qua Công ty Arktic. Ngày 20/8/2016, ông Chung chỉ đạo đàm phán mua độc quyền Redoxy 3C từ Công ty Watch Water.
Tuy nhiên sau đó, bị can lại nói với ông Hùng không mua hóa chất của hãng với giá 8,5 Euro/kg mà yêu cầu mua qua Công ty Arktic với giá 295.000-326.000 đồng/kg. Từ năm 2016 đến 2019, theo chỉ đạo và tạo điều kiện của ông Chung, Arktic đã nhập khẩu hơn 489 tấn chế phẩm với tổng chi phí 115,7 tỷ đồng.
Sau đó, doanh nghiệp bán lại số hóa chất cho Công ty Thoát nước với giá hơn 151 tỷ đồng. VKS xác định hợp đồng mua bán trái quy định mang về cho Công ty Arktic, cũng là công ty của gia đình ông Chung, khoản lợi nhuận hơn 36 tỷ đồng. Đây là thiệt hại của vụ án. Trong vụ này, ông Chung bị truy tố ở khung hình phạt tù từ 10 năm đến 15 năm.
