Ngoài đề nghị truy tố ông Nguyễn Đức Chung, Cơ quan CSĐT Bộ Công an cũng đề nghị truy tố bị can Nguyễn Văn Tứ (nguyên Chánh Văn phòng Thành ủy, nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội), bị can Nguyễn Tiến Học (nguyên Phó Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội), Phạm Thị Kim Tuyến (nguyên Trưởng phòng thuộc Sở KH-ĐT Hà Nội) và bị can Phạm Thị Thu Hường (nguyên Chánh Văn phòng Sở KH-ĐT Hà Nội), Võ Việt Hùng (Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh) và Lê Duy Tuấn (Giám đốc kinh doanh Công ty Đông Kinh) về hành vi vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.

Theo kết luận điều tra, trong quá trình Sở KH-ĐT tổ chức đấu thầu gói thầu số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016 trên địa bàn TP Hà Nội, do có mối quan hệ quen biết và được Bùi Quang Huy - Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường, nhờ nên ông Chung đã chỉ đạo đình chỉ thầu không đúng thẩm quyền, can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.

Tiếp đó, ông Chung yêu cầu Sở cho Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm số hóa đối với gói thầu với động cơ cá nhân là để cho Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu, trúng thầu và hưởng lợi ích, đồng thời để Công ty Minh Hoa (do vợ ông Chung làm Giám đốc) ký kết hợp đồng kinh tế với Công ty Nhật Cường (có cơ sở xác định hợp đồng khống) để Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh sử dụng hợp thức hóa hồ sơ năng lực để dự thầu và trúng gói thầu số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp 2016.

Kết luận điều tra nêu rõ: Khi thực hiện hành vi trên, bị can Nguyễn Đức Chung biết, chấp nhận mọi hậu quả (vật chất và phi vật chất) xảy ra do sai phạm trong đấu thầu gây ra. Hành vi của ông Chung cùng với hành vi bị cấm trong hoạt động đấu thầu của các cán bộ Sở KH-ĐT dẫn đến hiệu quả, mục đích gói thầu không đạt được (chỉ có 45% tài liệu hồ sơ được đẩy lên hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp) gây thiệt hại về tài sản nhà nước.

Hành vi của ông Nguyễn Đức Chung xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của cơ quan nhà nước, làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín, hình ảnh của cơ quan công quyền và làm cho nhiều cán bộ chủ chốt cấp thành phố có hành vi sai phạm nghiêm trọng bị xử lý hình sự.

Tại cơ quan điều tra, ông Nguyễn Đức Chung thừa nhận gọi điện cho Giám đốc Sở KH-ĐT để chỉ đạo đình chỉ thầu, không chỉ đạo bằng văn bản và đây chỉ là quyết định cá nhân với cương vị là chủ tịch. Lý do đình chỉ là vì sở không thực hiện đúng các quy định và chỉ đạo của thành phố. Việc chỉ đạo đình chỉ thầu là đúng thẩm quyền của chủ tịch, các nhà thầu không có khiếu kiện.