Theo các tư liệu, hải đăng được người Pháp đưa vào hoạt động năm 1898, nằm dưới sự quản lý của Sở Đèn pha.
Vào thời điểm đó, khu vực Sở Đèn pha Lý Sơn rộng chừng 10.000 m2. Ngoài ngọn hải đăng nơi này còn có nhà Sở, diện tích sử dụng 200 m2, xây theo kiểu biệt thự trệt, là nơi ăn ở của quan chức, binh lính Pháp và nhân viên người Việt.
Trong phong trào cách mạng năm 1930 – 1931, khi phát hiện cờ Đảng phất cao trên núi Thới Lới ở gần đó, quân Pháp ở Sở Đèn pha đã báo cho mật thám tỉnh Quảng Ngãi ra đảo Lý Sơn truy lùng các chiến sĩ cộng sản. Sau khi bị bắt, họ bị đưa về Sở Đèn pha và bị khai thác, tra tấn dã man.
Năm 1945, khi Nhật làm đảo chính Pháp ở Đông Dương, có máy bay nhiều lần bay lượn qua Sở Đèn pha, bắn xuống một vài phát súng, đặc biệt là có thả hai quả bom cách đó vài trăm mét để dằn mặt. Lính Pháp trông coi đèn hoảng sợ bỏ chạy.
Các chiến sĩ cách mạng địa phương đã đưa lực lượng du kích đến đây bí mật chiếm giữ và dùng làm nơi luyện tập. Ngày 16/8/1945, khi khí thế cách mạng dâng trào khắp cả nước, cờ đỏ sao vàng được kéo lên đỉnh chóp hải đăng của Sở Đèn pha như một biểu tượng chiến thắng.
Sáng 1/9/1951, quân đội viễn chinh Pháp được sự tiếp tay của bọn nội tuyến trong đảo đã tái chiếm đảo Lý Sơn. Sở Đèn pha được chúng dùng làm đại bản doanh, đồng thời cũng là nhà tù, nơi hành hạ tra tấn nhiều cán bộ kháng chiến trên đảo.
Nhưng lòng kiên trì và dũng cảm của các chiến sĩ cách mạng đã khiến quân Pháp trên đảo nản lòng. Sau đó, chúng đã đưa hơn 300 chiến sĩ vào các nhà lao trong đất liền để tiếp tục tra tấn và đày đọa.
Sau những thăng trầm lịch sử, ngôi nhà Sở Đèn pha không còn nữa, và ngọn hải đăng đã được xây lại theo lối hiện đại, trở thành một điểm nhấn kiến trúc của đảo Lý Sơn.
Ngày nay, nhiều du khách ghé thăm hải đăng Lý Sơn khi có dịp khám phá hòn đảo du lịch nổi tiếng của tỉnh Quảng Ngãi, nhưng không phải ai cũng biết về những tháng ngày bi tráng từng diễn ra ở địa điểm lịch sử này.
