Trong suốt chiều dài lịch sử, đặc biệt là giai đoạn phong kiến ở Nhật Bản, rất nhiều lời đồn về Ninja Nhật Bản xuất hiện. Tuy nhiên, các ninja không quá quan tâm hay tìm cách ngăn chặn các tin đồn về sức mạnh và khả năng làm nhiệm vụ của họ.
Chính những lời đồn đó đã khiến danh tiếng của ninja ngày tăng thêm phần nào và khiến kẻ thù khiếp sợ. Tuy nhiên, thực lực chiến đấu và những kỹ năng chuyên nghiệp của họ mới chính là yếu tố quan trọng nhất làm nên danh tiếng của ninja.
Phần lớn ninja sống ở Iga - một địa điểm phòng thủ hoàn hảo. Cụ thể, Iga được bao quanh bởi những ngọn núi, với những lối đi hẹp là cách duy nhất để tiến vào khu vực này.
Các ninja sống ở Iga phải rèn luyện các kỹ năng chiến đấu trước khi sẵn sàng bước ra thế giới bên ngoài làm nhiệm vụ.
Ninjutsu là môn võ nổi tiếng của ninja. Theo đó, ninja được dạy sử dụng thành thạo các môn võ, loại vũ khí (bao gồm cả ám khí, hơi độc, hỏa khí…), phương pháp di chuyển, đột nhập và đào thoát trong mọi điều kiện, cách ngụy trang, ẩn thân, thậm chí giả chết… để có thể hoàn thành các nhiệm vụ được giao.
Các ninja thường mang theo bên mình nhiều "bảo bối" là các dụng cụ hỗ trợ họ khi làm nhiệm vụ. Ví dụ như ninja mang theo túi da chứa đầy không khí để thở khi ở dưới nước trong thời gian dài hay những ống thuốc nổ để có thể ném về phía địch trong trường hợp khẩn cấp...
Ninja tuyệt đối giữ bí mật về nhiệm vụ của họ cũng như danh tính thực. Để có thể che giấu những bí mật, họ thực hiện nghệ thuật lừa đối, gián điệp, chiến tranh tâm lý... để đánh lừa đối phương.
Ninja thường được miêu tả mặc trang phục đen và che kín gương mặt để không bị lộ danh tính. Tuy nhiên, không có ghi chép lịch sử nào đề cập đến việc các ninja sử dụng mặt nạ che mặt.
