Công trình cầu Phú Mỹ được UBND TP HCM ký hợp đồng giao Công ty cổ phần BOT cầu Phú Mỹ (PMC) xây dựng theo hình thức BOT (xây dựng - kinh doanh - chuyển giao) khởi công năm 2007 với tổng số vốn là hơn 1.806 tỷ đồng. Trong quá trình thi công, UBND TP yêu cầu chỉnh sửa để chống ảnh hưởng động đất, sóng thần nên PMC đã đề xuất điều chỉnh vốn lên 2.176 tỷ (chưa tính lãi vay ngân hàng nước ngoài)
Đến 9/2009, cây cầu được đưa vào sử dụng và theo hợp đồng BOT, UBND thành phố cam kết sau khi thông xe, thành phố có trách nhiệm phân luồng giao thông (như hạn chế xe tải nặng từ các cảng, KCX, KCN lưu thông xuyên trung tâm thành phố) để toàn bộ luồng xe tải nặng trực tiếp lưu thông qua cầu Phú Mỹ. Ngoài ra, UBND thành phố còn cam kết hoàn thành đồng bộ toàn tuyến vành đai phía đông để tạo điều kiện cho xe lưu thông vào cầu Phú Mỹ
Tuy nhiên, từ khi thông xe đến nay, Sở GTVT TPHCM không thực hiện phân luồng theo ký kết cũng như chưa hoàn thành dự án tuyến đường vành đai khiến phương tiện lưu thông qua cầu rất thấp, dẫn đến thu phí không đủ như dự tính
Đồng thời, theo PMC, đến nay tổng số vốn đầu tư cho công trình đã đội vốn (lãi vay trong thời gian xây dựng, đền bù giải tỏa, trượt giá ngoại tệ...) mà đơn vị kiểm toán độc lập do UBND TP giao thẩm định xác định tổng số vốn đầu tư là 3.250 tỷ đồng (vào giữa năm 2013)
Trước tình hình trên, lãnh đạo Sở GTVT TPHCM cho biết: "UBND TP đã thống nhất chủ trương điều chỉnh chi phí cho công trình này. Theo đó PMC sẽ trình lại phương án tài chính hoàn vốn mà cụ thể là mức thu phí dự kiến tăng bao nhiêu?, thời gian thu phí kéo dài bao lâu? và từ cơ sở đó thành phố sẽ đàm phán với PMC để điều chỉnh hợp đồng BOT"
Lượng xe qua cầu Phú Mỹ khá vắng vẻ
Tuyến đường vành đai dẫn lên cầu Phú Mỹ không một bóng phương tiện dù thời điểm xe tải hoạt động ra vào cảng nhộn nhịp
Trạm thu phí Phú Mỹ vắng như "Chùa Bà Đanh"
Nhiều buồng thu phí không một bóng nhân viên
