Tuyên bố của bộ trên nêu rõ: "Chúng tôi cực lực lên án hành động giết người tàn bạo nhằm vào những dân thường vô tội. Chúng tôi xin được bày tỏ sự cảm thông sâu sắc nhất tới gia đình cũng như bạn bè các nạn nhân và bày tỏ tình đoàn kết với Chính phủ và người dân nước CHXHCN Việt Nam trong thời điểm khó khăn này. Chính phủ Philippines mạnh mẽ cam kết rằng những kẻ phạm tội ác này sẽ phải chịu sự trừng phạt của công lý".

Liên quan vụ việc này, trả lời phỏng vấn báo chí, Thứ trưởng Ngoại giao Vũ Hồng Nam cho biết ngay khi nhận được thông tin có hai nạn nhân nghi là hai công dân Việt Nam bị sát hại đêm 4/7 tại Philippines, Bộ Ngoại giao đã triệu tập Đại biện Đại sứ quán Philippines tại Hà Nội, đồng thời, Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines đã liên hệ với các cơ quan chức năng của Philippines đề nghị phối hợp bảo quản thi hài và xác minh danh tính của các nạn nhân.

Một ngày sau đó, thi hài của các nạn nhân đã được quân đội Philippines chuyển về bảo quản tại bệnh viện vùng Zamboanga để các cơ quan chức năng tiến hành các thủ tục xác minh danh tính. Đến 21h30 tối ngày 6/7, các nạn nhân đã được xác định là hai công dân Việt Nam Hoàng Trung Thông và Hoàng Văn Hải, thuyền viên của tàu Royal 16 đã bị nhóm khủng bố Abu Sayyaf bắt cóc vào tháng 11/2016.

Ngay khi nhận được thông tin xác minh về các nạn nhân, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã bày tỏ đau buồn và phẫn nộ trước hành vi sát hại hai công dân Việt Nam dã man, không mang tính người của nhóm khủng bố Abu Sayyaf và chia buồn với gia đình các nạn nhân.

Thủ tướng cho rằng những kẻ gây ra cái chết của hai công dân Việt Nam phải bị trừng trị đích đáng và kêu gọi cộng đồng quốc tế chung tay chống lại chủ nghĩa khủng bố. Bộ Ngoại giao cực lực lên án hành vi sát hại hai công dân Việt Nam của nhóm khủng bố Abu Sayyaf và gửi lời chia buồn sâu sắc nhất đến gia đình, người thân của các nạn nhân.

Thứ trưởng Vũ Hồng Nam cho biết Bộ Ngoại giao sẽ hỗ trợ gia đình lo hậu sự cho hai nạn nhân trong thời gian sớm nhất. Mặc dù vùng Zamboanga đang trong tình trạng thiết quân luật, việc tiếp cận rất khó khăn, nhờ sự hỗ trợ của các cơ quan chức năng Philippines, đại diện Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines đã có mặt tại nơi bảo quản thi hài các nạn nhân và tiếp tục phối hợp với các cơ quan chức năng Philippines hỗ trợ gia đình các nạn nhân hoàn tất các thủ tục pháp y, pháp lý và chuẩn bị các điều kiện cần thiết để đưa thi hài hoặc di hài các nạn nhân về nước mai táng theo nguyện vọng của gia đình.

Theo Thứ trưởng Vũ Hồng Nam, Bộ Ngoại giao Việt Nam sẽ tiếp tục yêu cầu các cơ quan chức năng của Philippines bảo đảm an toàn cho các công dân Việt Nam. Cho tới nay, Philippines đã nỗ lực hỗ trợ tối đa các đề nghị của Việt Nam. Ngày 22/6/2017, công dân Hoàng Võ, một trong các thuỷ thủ của tàu Royal 16 cũng bị bắt cóc tháng 11/2016, đã được giải thoát về Việt Nam và hiện đang được điều trị phục hồi sức khoẻ.