Năm 1571, khi thực dân Tây Ban Nha đến cai trị Philippines, để chống lại sự phản kháng của người dân bản địa, họ xây khu vực trường thành phòng thủ rộng 64 ha tại thị trấn cổ Intramuros, một vị trí đắc địa, nằm ngay tại cửa sông Pasig chảy ra vịnh Manila.
Ban đầu, công trình được xây bằng gỗ và đất, bao quanh bằng hào sâu. Đến năm 1574, sau cuộc tấn công của Limahong và người bản địa, pháo đài bị phá huỷ. Sau đó, người Tây Ban Nha cho xây lại pháo đài Santiago bằng đá dày 10 m trong khoảng thời gian từ năm 1589-1592.
Pháo đài cổ còn bị phá hủy sau trận động đất năm 1645, trải qua nhiều đợt tấn công và chiếm đóng của Anh, Mỹ, Nhật. Trong đó, cổng chính được xây dựng lại do bị phá huỷ gần như hoàn toàn trong giai đoạn cuối của Thế chiến thứ II. Phía trên cổng chính được chạm khắc hình Thánh James đang cưỡi ngựa, một vị thần hộ mệnh của người Tây Ban Nha.
Thời kỳ đen tối nhất trong lịch sử của pháo đài là trong Thế chiến thứ II, khi phát xít Nhật chiếm đóng được Manila. Họ tra tấn và hành quyết nhiều tù nhân người Philippines và Mỹ.
Một số báo cáo ước tính có 2.500-3.000 người Philippines đã bị giết chết tại đây, trong những ngày cuối cùng quân Nhật chiếm đóng.
Cũng trong cuộc chiến này, đặc biệt là trận Manila nổi tiếng, quân đội Mỹ đã tấn công vào thành, tiêu diệt hơn 16.500 lính Nhật cố thủ trong thành.
Vì thế, pháo đài Santiago nói riêng và cả khu Intramuros nói chung, là chứng nhân cho biết bao cuộc chiến tranh, là nơi ngã xuống của rất nhiều người, thuộc đủ sắc tộc, quốc gia.
Ngoài vai trò căn cứ quân sự, pháo đài Santiago cũng từng là nhà tù giam giữ tiến sĩ José Rizal, người anh hùng dân tộc của đất nước Philippines. Trong những ngày bị giam cầm tại đây, ông đã viết những tác phẩm "My Last Farewell", "Noli me Tangere" và "El Filibusterismo" có ý nghĩa đánh thức nhiều tầng lớp nhân dân đứng lên đấu tranh giành độc lập dân tộc.
Ngày 30/12/1896, José Rizal bị chế độ cai trị Tây Ban Nha đem ra xử tử, để rồi sau đó, phong trào đấu tranh càng bùng lên mãnh liệt, dẫn đến nước Cộng hoà Philippines ra đời vào năm 1898. Ngày nay, trong pháo đài Santiago, người ta phục dựng lại những bước chân của José Rizal khi bị đưa từ trại giam ra pháp trường.
Ngoài ra, chính quyền Philippines còn cho xây dựng bảo tàng José Rizal nằm ngay bên trong pháo đài, lưu giữ lại những vật dụng và công lao của ông.
Bên trong pháo đài, du khách có thể dễ dàng bắt gặp các tượng đá, mô phỏng lại quân lính Tây Ban Nha thời thực dân - thuộc địa, hoặc các nhân vật nổi tiếng trong lịch sử Philippines.
Vé tham quan pháo đài là 150 peso Philippines/người (gần 70.000 đồng).
Vào một số buổi chiều trong tuần, những người Mỹ thường vào pháo đài, kể chuyện vui về lịch sử - chính trị của đất nước Philippines và Mỹ, thu hút khá đông du khách đến nghe.
Sau khi tham quan pháo đài Santiago, du khách có thể du ngoạn các công trình cổ kính đậm nét châu Âu khác tại khu thành cổ Intramuros bằng xe ngựa kéo...
...hoặc xe tricycle.
