Xung quanh vụ ám sát Tổng thống Kennedy từng gây bàng hoàng dư luận nước Mỹ tồn tại những giả thuyết cực kỳ quái. 1. Tổng thống Kennedy bị ám sát do quan tâm đến người ngoài hành tinh. Trong cuốn sách “A Celebration of Freedom”, nhà văn William Lester cho hay, những tài liệu của CIA tiết lộ rằng, 10 ngày trước khi bị ám sát, Tổng thống Kennedy đã yêu cầu những tài liệu mật về UFO . Những nghiên cứu về người ngoài hành tinh làm tăng giả thuyết cho rằng Tổng thống Kennedy bị sát hại để ngăn ông tìm hiểu sự thật về các UFO.
2. Đệ nhất phu nhân Jackie Kennedy là hung thủ. Những giả thuyết về âm mưu ám sát cố Tổng thống Kennedy hướng về bộ phim của Zapruder. Trong cảnh quay 312-317, một làn khói bay lên ở phía bên trái đầu của Tổng thống Kennedy. Qua đó, bộ phim chỉ ra cả Tổng thống và vợ đều đang hút thuốc. Do đó, người ta suy luận đó là hiện tượng xuất hiện do phản ứng của các chất gây nổ. Bà Jackie bị hoài nghi là có liên quan đến âm mưu ám sát chồng cùng với Thống đốc Texas John Connally. Tuy nhiên, người ta chẳng thể tìm được bằng chứng chứng minh cho giả thuyết có phần "điên rồ" này, ngoại trừ sự giải thích sơ sài của bộ phim Zapruder.
3. Học thuyết Coca-Cola. Trong cuốn Học thuyết A Guide to the Major Conspiracy Theories (1993), hai tác giả Bob Callahan và Mark Zingarelli nhận định Oswald đã giết Tổng thống Kennedy vì mắc vấn đề tâm lý xuất phát từ chứng nghiện đường tinh chất. Giả thuyết này được đưa ra chủ yếu dựa vào tình tiết Oswald đã uống nước giải khát có đường ngay sau khi xảy ra vụ ám sát.
4. Ngân hàng dự trữ liên bang giết Tổng thống Kennedy. Trong cuốn sách của mình, tác giả Jim Marrs đã chỉ rõ thủ phạm trong vụ ám sát ngài Tổng thống chính là Ngân hàng Liên bang. Theo ông Marrs, động cơ ám sát Tổng thống Kennedy của Ngân hàng dự trữ là nhằm mục đích ngăn chặn lệnh 11110. Đây là biện pháp do Tổng thống Kennedy ban hành nhằm ngăn chặn sức mạnh của cơ quan này.
5. Joe DiMaggio mới chính là thủ phạm. Một giả thuyết khác nhận định cầu thủ bóng rổ Joe DiMaggio là người đứng đằng sau vụ ám sát Tổng thống Kennedy. Giả thuyết này đã thu hút sự chú ý của nhiều người khi cho rằng, DiMaggio đã ám sát Tổng thống Kennedy để báo thù cho cái chết của vợ cũ Marilyn Monroe.
6. Lydon Johnson là hung thủ ám sát Tổng thống Kennedy. Ai là người có lợi nhất trong vụ ám sát Kennedy? Theo nội dung hai cuốn sách của luật sư Scottsdale và Craig Zirbel, họ ám chỉ Johnson là người có động cơ để thực hiện vụ ám sát này. Theo đó, Johnson có lý do, phương tiện và cả cơ hội để thực hiện âm mưu ám sát nhất. Thêm vào đó, tác giả còn chỉ ra những quan điểm cá nhân và chính trị của Johson cùng với hoài bão trở thành Tổng thống Mỹ trước khi ông về già. Điều đó càng làm tăng thêm nghi vấn Johnson có liên quan tới cái chết bất ngờ của Tổng thống Kennedy.
7. Hội Tam Điểm là thủ phạm. Lyndon B. Johnson bị cáo buộc là thành viên của Hội Tam Điểm. Đồng thời, vị phó Tổng thống này là người được Ủy ban Warren bổ nhiệm. Qua đó, người ta đưa ra giả thuyết tổ chức bí mật này liên quan đến vụ giết người. Đây là một trong 10 giả thuyết không có bằng chứng xác thực.
8. Người đàn ông mang ô được xác định là Louie Steven Witt. Người ta đã ghi lại được hình ảnh Witt trong một thước phim của Zapruder và trong một vài cảnh quay khác của Stemmons Freeway ở Dealey Plaza. Điều bất thường chính là Witt cầm một chiếc ô lớn màu đen trong khi thời tiết hôm đó hoàn toàn khô ráo. Một vài người cho rằng, đó là một ám hiệu cho những kẻ ám sát. Tuy nhiên, sau đó người ta đã hé lộ sự thật về điều kỳ lạ này: Witt cầm chiếc ô để phản đối việc cha của Tổng thống Kennedy tỏ ra nhân nhượng Thủ tướng Anh Neville Chamberlain, người thường được thấy mang theo mình một chiếc ô màu đen như một thương hiệu. Trong khi đó, một số người hoài nghi người đàn ông mang ô chính là kẻ đã thực hiện hành vi ám sát Tổng thống và hắn dùng chiếc ô này như một công cụ đặc biệt để bắn ông chủ Nhà Trắng.
9. Tổng thống Kennedy bị một nhân viên mật vụ bắn rất tình cờ. Trong cuốn sách “Mortal Error” xuất bản năm 1992, tác giả Bonar Menninger có viết, Tổng thống Kennedy thực ra bị trúng đạn của nhân viên mật vụ George Hickey một cách tình cờ. Hickey đã mắc phải sai lầm chết người khi lái chiếc xe đi sau xe chở Tổng thống rồi vô tình nổ súng AR-15 khi chiếc xe chở ông đột ngột dừng lại.
10. Tài xế lái xe cho Tổng thống Kennedy là hung thủ. Trong cuốn sách “Behold a Pale Horse” của William Cooper xuất bản năm 1991 có chi tiết gây sốc rằng, Tổng thống Kennedy thực ra đã bị tài xế lái xe Limousine của ông bắn chết. Phỏng đoán của Cooper dường như dựa trên tình tiết nhân viên mật vụ William Greer được người ta nhìn thấy quay sang phía bên phải và nhìn về đằng sau trong vụ bắn. Trên thực tế, cơ quan chức năng không tìm được bất cứ bằng chứng nào chứng minh Greer chính là xạ thủ. Tuy nhiên, Greer bị chỉ trích nặng nề vì đã không lập tức tăng tốc chạy khỏi hiện trường sau khi xảy ra vụ ám sát.
