Nhìn bên ngoài, Yamaha R3 gần như không khác gì so với R25, ngoại trừ dàn tem thiết kế khác.
Xe sở hữu thiết kế thể thao, độc đáo và khá khác biệt so với các mẫu sportbike khác của Yamaha.
Ngoài ra so với R25, chiếc xe còn được trang bị sẵn phanh ABS.
Với trọng lượng nhẹ và kích thước khá nhỏ gọn, R3 tỏ ra khá năng động.
R3 được trang bị đồng hồ điện tử kết hợp với báo tua cơ - thiết kế thường thấy ở Yamaha và khá giống Exciter 150.
Động cơ trên R3 cũng có 2 xi-lanh, nhưng có dung tích lên tới 320 cc thay vì 250 cc như R25, khiến công suất của xe có thể đạt tới 42 mã lực.
Xe đượctrang bị 2 phanh đĩa phía trước và sau, với lốp trước 110/70/17 và lốp sau 160/60/17.
Theo các phóng viên về xe tại Mỹ và châu Âu, những trải nghiệm ban đầu mà R3 đem lại khá tích cực.
Xe có độ nhạy ga ở mọi số vòng tua máy, nhưng chỉ đạt được công suất cao nhất ở trên 9000 rpm. Nhờ động cơ 320 cc, R3 có thể "đánh bật" mọi đối thủ 250 cc.
Xe có thể dễ dàng đạt tốc độ 170 km/h, trong khi R25 phải khá "chật vật" mới có thể đạt tới con số này.
Vị trí ngồi của R3 khá thoải mái, khiến việc điều khiển xe rất dễ dàng trên cả đường đua lẫn đường phố.
Yamaha R3 được bán với 3 màu khác nhau và có giá tại Anh là 4799 Bảng (tương đương khoảng 153 triệu).