Theo báo cáo gửi HĐND TP HCM, từ khi bắt đầu thu phí (01/4/2022) đến nay, nguồn thu hạ tầng cảng biển đã đạt gần 8.000 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền này, sau khi trừ chi phí tổ chức thu, được nộp ngân sách và ưu tiên đầu tư cho các dự án giao thông kết nối cảng biển.
Hiện Sở Xây dựng đề xuất bố trí vốn cho 27 dự án, trong đó 17 dự án đã có kế hoạch, gồm cả hai dự án mới là nâng tĩnh không cầu Bình Triệu 1 và cầu Bình Phước 1.
Sở Xây dựng cũng kiến nghị được trích lại 1,5% tổng thu để phục vụ công tác thu phí, đồng thời hoàn tất đề án triển khai thu phí cho Bình Dương và Bà Rịa – Vũng Tàu và đang lấy ý kiến trước khi trình cấp thẩm quyền.
Ngoài ra, trong quá trình vận hành, thành phố ghi nhận nhiều vướng mắc như: thiếu chế tài với doanh nghiệp chậm nộp phí, hạ tầng lưu trữ dữ liệu chưa đồng bộ, hệ thống kết nối hải quan có lúc gián đoạn, cũng như tình trạng doanh nghiệp chuyển hàng sang tỉnh khác để né phí. Việc cưỡng chế đối với hàng hóa luân chuyển qua cảng cũng chưa có cơ sở pháp lý rõ ràng.
Để khắc phục, UBND TP HCM đề xuất ban hành nghị quyết mới thay thế toàn bộ nghị quyết hiện hành, điều chỉnh mức thu, phạm vi áp dụng sau sáp nhập địa giới và quy định lại tỉ lệ trích để lại cho đơn vị thu phí. Thành phố yêu cầu tăng cường phối hợp với hải quan và doanh nghiệp khai thác cảng; rà soát, cập nhật quy trình và quy chế phối hợp trong thu phí.
Theo thống kê, hiện 70% nguồn thu đến từ cụm cảng Cát Lái; tiếp theo là Trường Thọ (10,5%) và các cảng sông tại Sài Gòn, Nhà Bè. Từ thực tế này, Sở Xây dựng kiến nghị ưu tiên đầu tư cho các dự án cấp bách ở phía Đông như Vành đai 2, đường Nguyễn Duy Trinh, nút giao Mỹ Thủy và An Phú nhằm cải thiện hạ tầng và tăng niềm tin của doanh nghiệp về hiệu quả sử dụng nguồn phí.