Từ năm 1527 - 1532, 2 hoàng tử Huáscar và Atahualpa rơi vào cuộc chiến tranh giành ngai vàng sau khi vua cha chết. Sự việc này đẩy đế chế Inca rơi vào hỗn loạn và từng bước đến bờ vực diệt vong.
Theo các nhà nghiên cứu lịch sử, cuộc chiến giành ngai vàng giữa hai anh em Huáscar và Atahualpa bắt đầu từ năm 1527. Cha của họ là hoàng đế Huayna Capac. Theo truyền thống, nhà vua Inca sẽ truyền ngôi cho con trai cả. Do đó, Ninan Cuyochi trở thành người thừa kế ngai vàng của hoàng đế Huayna Capac.
Tuy nhiên, trưởng hoàng tử Ninan Cuyochi chết trước vua cha. Không lâu sau cái chết của con trai trưởng, hoàng đế Huayna Capac lâm bệnh nằm liệt giường. Trên giường bệnh, nhà vua Inca quyết định chia vương quốc cho hai hoàng tử còn lại là Huáscar và Atahualpa.
Hoàng tử Huáscar lớn tuổi hơn và là con thứ hai của hoàng đế Huayna Capac với hoàng hậu. Trong khi đó, hoàng tử Atahualpa do một thứ phi sinh ra. Theo di chiếu của hoàng đế Huayna Capac, Huáscar được quyền cai trị toàn bộ Inca, ngoại trừ vùng Quito và khu vực xung quanh, nằm ở phía bắc của vương quốc. Do vậy, Huáscar trị vì đất nước ở Cuzco và cai quản phần lớn dân chúng.
Trong khi đó, hoàng tử Atahualpa cai quản vùng Quito và chỉ huy quân đội Inca đóng quân ở phương bắc. Hoàng đế Huayna Capac hy vọng hai con trai sẽ cùng nhau cai trị đất nước trong hòa thuận.
Tuy nhiên, nguyện vọng của hoàng đế Huayna Capac không thể thực hiện. Nguyên do là bởi sau khi ông qua đời năm 1527, Huáscar và Atahualpa xem nhau như mối đe dọa quyền uy vì ai cũng muốn nắm toàn quyền trị vì đất nước.
Hoàng tử Huáscar quyết định tấn công Atahualpa trước bằng cách xâm chiếm Quito. Mọi việc diễn ra thuận lợi khi Huáscar bắt giữ được Atahualpa. Thế nhưng, về sau, Atahualpa trốn thoát và quay trở lại Quito để tập trung lực lượng cho cuộc phản công.
Những năm sau đó, cuộc chiến giữa hoàng tử Huáscar và Atahualpa gây ra nhiều "sóng gió" lớn trong đế chế Inca đẩy người dân vào cuộc chiến tranh loạn lạc, chết chóc, kinh tế đi xuống. Phải đến năm 1532, quân đội của Atahualpa mới đánh bại hoàn toàn Huáscar trong trận chiến bên ngoài thủ đô Cuzco.
Giành chiến thắng trong cuộc nội chiến đẫm máu, Atahualpa lên ngôi hoàng đế. Tuy nhiên, ông chỉ cai trị đế chế Inca trong 1 năm ngắn ngủi. Điều này xuất phát từ việc không lâu sau đó người Tây Ban Nha từng bước xâm chiếm đế quốc Inca. Vào ngày 26/7/1533, nhà vua Atahualpa bị quân xâm lược Tây Ban Nha treo cổ. Theo đó, ông trở thành hoàng đế cuối cùng của đế chế Inca.
Cái chết của hoàng đế Atahualpa đánh dấu sự sụp đổ của đế chế Inca hùng mạnh từng hưng thịnh trong nhiều thế kỷ. Sau đó, người Tây Ban Nha thống trị khu vực Nam Mỹ mở ra một thời kỳ mới.
