Inti là vị thần quan trọng nhất trong đời sống tâm linh của người Inca. Đây là thần Mặt trời và kết hôn với Nữ thần Mặt trăng Mama Quilla. Vua Sapa Inca Pachacuti được cho là hậu duệ của thần Mặt trời Inti.
Không chỉ là Nữ thần Mặt trăng, Mama Quilla còn là nữ thần hôn nhân và là vị thần bảo vệ phụ nữ. Người dân Inca cho rằng, hiện tượng nguyệt thực xảy ra khi Nữ thần Mặt trăng Mama Quilla bị một con vật tấn công.
Người Inca tin vào sự tồn tại của thế giới bên kia sau khi con người qua đời. Họ thường ướp xác thi thể người chết trước khi chôn cất, đưa họ về nơi an nghỉ cuối cùng.
Người dân Inca cũng tùy táng nhiều đồ vật cùng thi hài người quá cố vì cho rằng những thứ đó rất cần thiết để người chết bắt đầu cuộc sống mới ở thế giới bên kia.
Mỗi tháng, người Inca đều tổ chức lễ hội tôn giáo. Thông thường, nghi lễ hiến tế là một phần không thể thiếu trong buổi lễ. Do vậy, họ thường hiến tế con người (thường là trinh nữ và trẻ em) cho thần linh để xoa dịu cơn tức giận của các vị thần cũng như cảm ơn họ đã bảo hộ cuộc sống của dân chúng.
Do đó, các thầy tế đóng vai trò quan trọng trong đời sống tinh thần của người Inca. Những thầy tế có chức sắc cao sinh sống ở Cuzco và thường là anh em với vua của đế chế Inca.
Người Inca coi các vùng núi là nơi vô cùng quan trọng, thậm chí là vùng đất thiêng liêng. Bởi lẽ họ cho rằng đó là khởi nguồn của nguồn nước.
Nhiều đền thờ được người Inca xây dựng ở những nơi linh thiêng gọi là "huacas". Những nơi này được cho là có chức sức mạnh của thần linh. Người Inca thường tiến hành các nghi lễ hiến tế tại "huacas" thiêng liêng.
