Không chỉ là những người được đào tạo võ thuật bài bản, chiến đấu tinh nhuệ, trung thành tuyệt đối với chủ nhân, Ninja Nhật Bản còn thực hiện các nhiệm vụ khác như ám sát, gián điệp, trinh sát, thực hiện phá hoại ngầm đối với kẻ thù hay phục kích quân địch ở chiến trường..
Thế kỷ 15 và 16 là thời kỳ hưng thịnh nhất của tầng lớp Ninja. Khi đó, đất nước Nhật Bản thường chìm trong các cuộc chiến tranh đẫm máu. Sau năm 1600, hòa bình lập lại ở đất nước Nhật Bản. Từ đó, vai trò và vị thế của Ninja giảm dần so với thời hoàng kim.
Vùng Iga và Koga ở Nhật Bản được coi là nơi sinh ra những Ninja. Kể từ đó, Ninja trở thành lực lượng chính tham gia chiến tranh ở Nhật Bản. Các lãnh chúa phong kiến luôn coi ninja ở Iga và Koga là những Ninja giỏi nhất ở đất nước Nhật Bản.
Mặc dù Ninja có cách ăn mặc, sử dụng vũ khí, cách thức chiến đấu khá giống nhau mỗi nhóm Ninja lại hoạt động xuất sắc ở một lĩnh vực khác nhau. Có nhóm Ninja hoạt động xuất sắc trong các hoạt động tình báo, trong khi có nhóm chuyên đi phá hoại, xâm nhập hoặc ám sát.
Ninja-to là một trong những vũ khí của Ninja nhưng ngắn hơn, không sắc bén và không nặng bằng kiếm của các samurai. Đó là loại vũ khí Ninja dùng để đề phòng. Tuy nhiên, hiếm khi Ninja rút kiếm ra chiến đấu, trừ trường hợp gặp phải tình hình nguy cấp (bị phát hiện, bị lính canh mai phục).
Nhiều câu chuyện ly kỳ về Ninja được tương truyền từ đời này sang đời khác. Trong đó nổi tiếng là giai thoại về Hoàng tử Yamato Takeru sống ở thế kỷ 4 của Vương triều Yamato đã cải trang thành một phụ nữ xinh đẹp và ám sát thành công hai tướng quân thù. Về sau, vị hoàng tử này được tôn vinh như một Ninja bậc tài. Tuy nhiên, những tài liệu lịch sử ghi chép các câu chuyện về Ninja phải hơn 1.000 năm sau mới có.
Ninja thường được biết đến trong trang phục màu đen. Tuy nhiên, trên thực tế, khi thực hiện nhiều nhiệm vụ như thu thập tin tình báo, tiếp cận nạn nhân để ám sát, ninja không thể sử dụng trang phục màu đen vì sẽ dễ bị nghi ngờ, bại lộ thân phận trước khi kịp hành động.
Ninja thường sử dụng phi tiêu là những miếng kim loại mỏng hình ngôi sao, có các đỉnh là lưỡi dao sắc. Loại vũ khí này được Ninja sử dụng khá hiệu quả khi bị kẻ thù truy đuổi.
