Câu chuyện dịch hạch ở Hà Nội đầu thế kỷ 20 được kể trong cuốn Choses et gens en Indochine của tác giả Claude Bourrin. Theo lời tác giả, vào cuối năm 1902 đến giữa năm 1903, thành phố Hà Nội xảy ra nạn dịch hạch, cướp đi nhiều sinh mạng khiến người dân ngày đêm lo sợ. Mấy năm trước đó, bệnh dịch hạch phát sinh ở Vân Nam, Quảng Châu, Hong Kong và Ấn Độ, bùng nổ thành đại dịch. 

Thời điểm ấy, Bourrin vừa mãn hạn lính, được giao trông coi nhà Đấu xảo ở Hà Nội (nay là Cung Văn hóa Hữu nghị Hà Nội). Một đêm, Bourrin nghe thấy tiếng kêu rên ở khu vực đồn trú của lính người An Nam vọng lại. Tới nơi, ông thấy những người lính đang quằn quại, giãy giụa. Ông báo lên sở cẩm (sở cảnh sát của Pháp tại Việt Nam thời Pháp thuộc) để kịp thời đưa người mắc bệnh tới bệnh viện.

Người mắc bệnh nhiệt độ tăng lên tới 39, 42 độ, tay chân nổi nhiều nốt mụn, chỗ mụn ấy loét ra, hạch ở cổ, ở bẹn sưng lên. Bệnh nhân khó thở, đau ngực, ho, thân thể yếu dần. Trong vòng 24 đến 48 tiếng nếu không kịp tiêm thuốc thì chết.

Bệnh lây lan rất nhanh, số người nhiễm bệnh tăng. Hội chợ ở Đấu xảo đang tưng bừng náo nhiệt, khi được tin có dịch hạch, nhà cầm quyền đã ra lệnh bế mạc sớm. Người ta tìm cách đốt ngay hàng hóa và đồ đạc còn lại. Lính cứu hỏa phải châm lửa đốt các khu nhà tranh lụp xụp ở gần khu vực có nạn dịch.

Số người mắc bệnh nhiều tới mức nhà thương Phủ Doãn (bệnh viện Việt Đức ngày nay) ngày càng nhiều. Bệnh viện quá tải, không đủ chỗ nên khu Văn Miếu - Quốc Tử Giám được sử dụng tạm làm nơi cách ly, tránh lây lan bệnh dịch ra toàn thành phố.

Nhờ có thuốc của Yersin tiêm vào bệnh nhân nên lượng người chết giảm, bệnh dịch được đẩy lùi.

Nhưng nhân cơ hội ấy, người Pháp muốn lấy Văn Miếu làm bệnh viện, trích quỹ tìm địa điểm mới cho Văn Miếu. Trước khi thực hiện ý định, Toàn quyền Đông Dương Paul Doumer ủy nhiệm cho Pasquier - người làm việc tại văn phòng phủ Toàn quyền - thăm dò dư luận của nhân sĩ. 

Câu chuyện về ý đồ di chuyển Văn Miếu được kể trong cuốn Thuở ấy Hà Nội (Nguyễn Bá Đạm). Khi nhận nhiệm vụ thăm dò nhân sĩ Bắc Hà, Pasquier đã gửi giấy mời một số quan lại hỏi ý kiến, trong đó có ông phó bảng Phạm Văn Thụ (lúc bấy giờ là tri phủ Tiên Hưng, sau làm Thượng thư Bộ Hộ kiêm Bộ binh, Cơ mật viện đại thần thời Khải Định).

Gặp Pasquier, ông Phạm Văn Thụ nói: “Đang buổi tân cựu giao thời, chỉ một điều năm ngoái nhân dân Hà thành phát bệnh dịch hạch. Nhà nước lấy Văn Miếu làm trường mổ người máu bắn cả lên bia tiến sĩ, thế là đủ cho nhân tâm ly tán. Văn Miếu Hà Nội có từ Lý triều sáng lập đến nay. Đến triều Nguyễn, thiên đô vào Phú Xuân, Huế cũng không hủy được Văn Miếu. Phải để nguyên lại cổ tích cho cả nước Nam, không phải riêng gì của Hà Nội. Nếu nay hủy đi hoặc di chuyển đi nơi khác, e rằng sĩ dân cả nước ngã lòng rất là phương ngại”.

Pasquier là người quan tâm tới việc bảo vệ di tích, cảnh quan. Ông đáp: “Rất cảm ơn ông, may quá tôi cũng nghĩ vậy, có lẽ cũng là lòng trời. Tôi xin đảm nhận trình với quan toàn quyền. Sẽ trích một phần công quỹ giao sửa lại miếu đường, và tẩy uế để việc thờ cúng được như xưa”.

Vài ngày sau, chính quyền thông báo dành hai vạn bạc sửa lại Văn Miếu, giữ cảnh quan như cũ.