Ông Nguyễn Thanh Long sinh ngày 3/9/1966 tại xã Bạch Long, huyện Giao Thủy, tỉnh Nam Định. Ông tốt nghiệp Thạc sĩ y khoa chuyên ngành truyền nhiễm, Đại học Y Hà Nội năm 1995; Tiến sĩ y khoa năm 2003; Phó Giáo sư y học năm 2009; Giáo sư y học năm 2013. Ông hiện là Phó Bí thư Ban Cán sự Đảng, Quyền Bộ trưởng Bộ Y tế.
Xuất thân là chuyên viên Vụ Y tế dự phòng Bộ Y tế từ năm 1995. Đến tháng 12/2003, ông giữ chức vụ Trưởng phòng Kiểm soát và phòng, chống HIV/AIDS, Cục Y tế dự phòng và phòng, chống HIV/AIDS, Bộ Y tế.
Tháng 6/2005, ông Nguyễn Thanh Long là Phó Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS Bộ Y tế, Bí thư Chi bộ, Phó Bí thư Đảng bộ Cục phòng chống HIV/AIDS.
Tháng 3/2008, ông được bổ nhiệm làm Cục trưởng kiêm Bí thư Chi bộ Cục phòng, chống HIV/AIDS. Đồng thời, ông còn là Trưởng Bộ môn HIV/AIDS Trường Đại học Y tế công cộng; Phó Giáo sư kiêm nhiệm tại Trường Đại học Griffith, Úc.
Ngày 24/12/2011, Bộ Y tế đã tổ chức Lễ Công bố Quyết định số 2383/QĐ-TTg, ngày 14/12/2011 của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng về việc bổ nhiệm ông Nguyễn Thanh Long, Cục trưởng Cục Phòng, chống HIV/AIDS giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Y tế.
Tháng 12/2016, ông được bổ nhiệm lại giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Y tế . Nhiệm vụ của Thứ trưởng Nguyễn Thanh Long giúp Bộ trưởng trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực: công tác y tế dự phòng, kiểm dịch y tế biên giới, phòng chống dịch bệnh, quản lý môi trường y tế; công tác phòng chống HIV/AIDS, phụ trách công tác vệ sinh an toàn thực phẩm…
Ngày 30/10/2018, Ban Bí thư Trung ương Đảng quyết định điều động, bổ nhiệm ông Nguyễn Thanh Long giữ chức Phó Trưởng ban Tuyên giáo Trung ương. Phát biểu tại lễ nhận chức, ông Nguyễn Thành Long cho hay, đây là niềm vinh dự và tự hào đồng thời cũng là trách nhiệm ngày càng cao. Bản thân ông luôn cố gắng phấn đấu thực hiện tốt nhiệm vụ được phân công.
Ngày 31/01/2020, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc quyết định bổ nhiệm ông giữ chức Thứ trưởng Bộ Y tế. Ông đồng hành cùng Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam trong công tác phòng chống dịch COVID-19. Ông Long là một trong các Phó trưởng Ban Chỉ đạo quốc gia phòng, chống dịch COVID -19 tham gia tích cực trong công tác phòng chống dịch ngay từ những ngày đầu.
Mới đây, ngày 7/7/2020, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc quyết định bổ nhiệm ông giữ chức Quyền Bộ trưởng Bộ Y tế. Nhân dân cả nước đều ghi nhận những đóng góp của ông Nguyễn Thanh Long đối với nền y tế nước nhà.
