Phẫu thuật đau đớn: Để trở về giới tính thật của mình, nhiều người bị nhầm giới tính phải trải qua những ca phẫu thuật chuyển giới vô cùng đau đớn. Một ca phẫu thuật chuyển giới từ nam sang nữ hoặc từ nữ sang nam đều rất phức tạp với nhiều công đoạn khác nhau như tiêm hormone, điều trị tâm lý, phẫu thuật chỉnh hình khuôn mặt, tái tạo cơ quan sinh dục mới…
Sử dụng thuốc tăng cường hormone suốt đời: Những người tiến hành phẫu thuật chuyển giới bắt buộc phải tăng cường hormone chuyển giới suốt đời để duy trì và kéo dài vẻ ngoài nữ tính hoặc nam tính sau khi phẫu thuật. Việc tăng cường hormone này phải được thực hiện thường xuyên, đều đặn và rất tốn kém.
Phải có chế độ chăm sóc định kỳ cho diện mạo: Người chuyển giới sau phẫu thuật muốn duy trì vẻ về ngoài nữ tính/ hoặc nam tính như giới tính thật phải chăm sóc định kỳ cho diện mạo. Đặc biệt là những người chuyển từ nam sang nữ để giữ được nét nữ tính, mềm mại trên khuôn mặt cũng như cơ thể dài lâu. Quá trình chăm sóc như vậy rất kỳ công và tốn kém.
Không có khả năng sinh con: Tiêm hormone, phẫu thuật ngực và phẫu thuật phần dưới đồng nghĩa với vệc những người chuyển giới ít khả năng có con. Trên thế giới có nhiều trường hợp quyết định đông lạnh trứng hoặc tinh trùng trước khi chuyển giới thành đàn ông hoặc đàn bà vì mong muốn có những đứa con của chính mình.
Tên và giới tính trong giấy khai sinh không hài hòa với giới tính thật: Trước khi việc phẫu thuật chuyển giới được chính thức công nhận tại Việt Nam, nhiều người phải ra nước ngoài để tìm lại giới tính thật của mình. Để phù hợp với giới tính sau chuyển đổi nhiều người cũng quyết định đổi tên gọi thường ngày. Tuy nhiên, giới tính và tên gọi mới không trùng khớp với giấy khai sinh khiến họ rơi vào một vài rắc rối về mặt pháp lý.
Định kiến xã hội: Vẫn còn những định kiến xã hội nặng nề về người chuyển giới. Vì vậy họ có thể theo đuổi con đường học hành và tìm được công việc ổn định để trang trải cuộc sống.
