Về lộ trình thực hiện, đơn vị Tư vấn đưa ra lộ trình triển khai từ nay đến năm 2024, thu phí xe vào nội đô từ năm 2025. Ranh giới để xác định khu vực thu phí được giới hạn bởi các đường: Vành đai 3 - Cầu Thanh trì - Pháp vân - Mai Dịch - Phạm Văn Đồng - Tây Hồ Tây - Võ Chí Công - Cầu Nhật Tân - Hoàng Sa - Trường Sa - Lý Sơn - Nguyễn Văn Linh - Vành đai 3.

Để lập 87 trạm thu phí trên, đơn vị tư vấn xác định 68 vị trí và thực hiện thu phí; phân làm ba giai đoạn:

Giai đoạn 1: đơn vị được giao nhiệm vụ đầu tư xây dựng thí điểm 15 trạm thu phí tại 9 vị trí. Các vị trí này nằm trên các trục đường nội đô có lưu lượng lớn dễ xảy ra ùn tắc giao thông và ô nhiễm môi trường. Bao gồm: Đường Giải Phóng 01 trạm; Nút giao Khuất Duy Tiến - Nguyễn Trãi 03 trạm; nút Lê Văn Lương 03 trạm; Nút giao Big C 03 trạm; Xuân Thủy 01 trạm; Hoàng Quốc Việt 01 trạm; Nút giao Võ Chí Công 01 trạm; Nút giao đầu cầu bắc Chương Dương 01 trạm; Nút giao Nguyễn Văn Linh – Đàm Quang Trung 01 trạm.

Giai đoạn 2: đầu tư xây dựng 59 trạm thu phí tại 46 vị trí. Bao gồm: đê Nguyễn Khoái 01 trạm, Lĩnh Nam 01 trạm, Tây Trà 01 trạm, Yên Duyên 01 trạm, lối vào Gamuda 04, Tam Trinh 01 trạm, Sở Thượng 01 trạm, Hưng Thịnh 01 trạm, lối vào Trung tâm khu hành chính quận Hoàng Mai 01 trạm, Bùi Huy Bích 01 trạm, Nguyễn Hữu Thọ 01 trạm, các ngõ vào Khu Đô thị Bắc Linh Đàm 04 trạm, Kim Giang 01 trạm, Thanh Liệt 01 trạm, các ngõ 66,68,168 Nghiêm Xuân Yêm 03 trạm, Hoàng Đạo Thành 01 trạm, Ngõ 171 Nguyễn Xiển 01 trạm, Ngõ 161 Nguyễn Xiển 01 trạm, Ngõ 129 Nguyễn Xiển 01 trạm, Nguyễn Huy Tưởng 01 trạm, Ngõ 90 Khuất Duy Tiến 01 trạm, Ngụy Như Kom Tum 01 trạm, Hoàng Ngân 01 trạm, Tú Mỡ 01 trạm, Mạc Thái Tông 01 trạm, Nguyễn Quốc Trị 01 trạm, Mạc Thái Tổ 01 trạm, Dương Đình Nghệ 01 trạm, Đường Khu Công viên Cầu Giấy 01 trạm, Tôn Thất Thuyết 01 trạm, Duy Tân 01 trạm, Ngõ 7 Phạm Hùng 01 trạm, Trần Quốc Vượng 01 trạm, nút Nguyễn Trãi - Khuất Duy Tiến có 3 trạm thu phí xe vào nội đô, Trần Quốc Hoàn 01 trạm, Tôn Quang Phiệt 01 trạm, Trần Cung 01 trạm, Nút Tây Hồ Tây (THT) giao Đỗ Nhuận hướng đi Hoàng Quốc Việt 01 trạm, 03 nhánh của Tây Hồ Tây đi Hoàng Quốc Việt 03 trạm, Nút Tây Hồ Tây giao Nguyễn Văn Huyên kéo dài 01 trạm, Xuân La 01 trạm, Nguyễn Hoàng Tôn 01 trạm, Ngõ 655 Lạc Long Quân 01 trạm, Ngõ 603 Lạc Long Quân 01 trạm, Ngõ Lotte và 02 ngõ thông sang Lạc Long quân 04 trạm, Ngõ 689 Lạc Long Quân 01 trạm, Nút An Dương Vương đầu cầu 01 trạm.

Giai đoạn 3: Đầu tư xây dựng 13 trạm thu phí tại 13 vị trí, bao gồm: Nguyễn Văn Linh - Vành đai 3 01 trạm, Vành đai 3 - Cổ Linh - Cao tốc Hà Nội - Hải Phòng 01 trạm, Đê Long Biên - Xuân Quan 01 trạm, Cầu Đông Trù 01 trạm, Chân đê Ngọc Thụy 01 trạm, Đường Lý Sơn vào khu đô thị Thượng Thanh 01 trạm, Nút giao trung tâm Quận Long Biên 01 trạm, Lối rẽ từ đường Nguyễn Văn Linh vào sân Golf Long Biên 01 trạm, Nút giao Huỳnh Tấn Phát 01 trạm, Nút giao Thạch Bàn 01 trạm, Ngõ 68 Nguyễn Văn Linh 01 trạm, Nút giao cầu Thanh trì 01 trạm, Nút giao Vành đai 3 với đường nối Lê Trọng Tấn 01 trạm.

Tư vấn cho biết, từ năm 2021 - 2025: các đơn vị có liên quan thực hiện nghiên cứu, hoàn thiện đề án và các điều kiện triển khai thu phí; Từ năm 2025 - 2030: xây dựng dự án và tổ chức thí điểm thực hiện thu phí điểm tại các vị trí đã được lập.