Theo Kết luận điều tra (KLĐT) số 49/KLĐT-CSKT-P9 của Cơ quan CSĐT Bộ Công an, ông Đinh La Thăng bị đề nghị truy tố trên cương vị làm Bộ trưởng Bộ GTVT, về tội "Vi phạm quy định về sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí", theo khoản 3, Điều 219 Bộ Luật hình sự (sửa đổi, bổ sung 2017) với vai trò cầm đầu.
Cùng đó là bị can Nguyễn Hồng Trường (cựu Thứ trưởng Bộ GTVT kiêm Chủ tịch hội đồng bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương), cùng bị truy tố tội danh như ông Đinh La Thăng, nhưng với vai trò đồng phạm.
Ngoài ra 18 bị can khác, trong đó có ông Đinh Ngọc Hệ bị đề nghị truy tố tội như ông Thăng và tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Ông Đinh La Thăng và các đồng phạm bị đề nghị truy tố liên quan sai phạm xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu giá và thu phí tuyến cao tốc thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.