Ngày 21/11/2020, Bộ Công an cho biết, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra kết luận điều tra, chuyển hồ sơ sang Viện KSND Tối cao đề nghị truy tố 4 bị can về tội danh "Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" quy định tại Điều 337 Bộ luật Hình sự.
Các bị can gồm: Nguyễn Đức Chung (SN 1967, nguyên Chủ tịch UBND TP. Hà Nội, trú tại quận Đống Đa; Phạm Quang Dũng (SN 1983), nguyên cán bộ công an; Nguyễn Hoàng Trung (SN 1983), nguyên chuyên viên Phòng thư ký biên tập và Nguyễn Anh Ngọc (SN 1974), nguyên Phó trưởng phòng Thư ký biên tập – UBND TP Hà Nội.
Theo kết luận điều tra, khoảng một tháng sau khi C03- Bộ Công an khởi tố vụ án liên quan tới Công ty TNHH Nhật Cường và một số đơn vị liên quan, ông Nguyễn Đức Chung đã thông qua ông Phan Huy Lệ (Chủ tịch HĐTV, TGĐ Công ty TNHH Hà Thành) để làm quen với Phạm Quang Dũng - người được trưng dụng tham gia hỗ trợ điều tra vụ án.
Theo đó, ông Chung đặt vấn đề nhờ ông Dũng đồng ý thu thập, cung cấp thông tin, tài liệu về tình hình, tiến độ và kết quả điều tra vụ án Công ty Nhật Cường....
Sau đó, từ tháng 7/2019- 6/2020, ông Dũng đã nhiều lần thu thập, chiếm đoạt được tài liệu có liên quan đến vụ án Công ty Nhật Cường. Kết quả điều tra xác định, ông Dũng đã 5 lần thu thập 9 tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước (ở mức độ “Mật”) liên quan đến vụ án Công ty Nhật Cường rồi 2 lần chuyển cho ông Chung 6 tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước độ “Mật”.
Trong đó có Báo cáo kết quả trích xuất dữ liệu và thanh toán tiền hàng buôn lậu cho 16 nhà cung cấp của Công ty Nhật Cường; Tài liệu báo cáo Thứ trưởng Nguyễn Duy Ngọc về tiến độ, kết quả, kế hoạch kết luận điều tra vụ án xảy ra tại Công ty Nhật Cường và Báo cáo kết quả xác minh việc Công ty Nhật Cường cung cấp dịch vụ công cho TP Hà Nội từ năm 2017- 2019...
Những lần chiếm đoạt tài liệu mật của ông Chung đều có sự giúp sức của bị can Ngọc và Trung.
Đáng chú ý, vào dịp Tết Nguyên đán năm 2020, bị can Dũng đã nhận 10.000 USD của ông Nguyễn Đức Chung thông qua bị can Nguyễn Hoàng Trung (lái xe riêng của ông Chung). Nhưng, do chưa có điều kiện làm rõ việc ông Chung đưa cho Dũng khoản tiền trên nên CQĐT quyết định bóc tách hành vi để điều tra làm rõ sau.