Vị trí dự định xây dựng là ở Pulau Natuna Besar, đảo lớn nhất trong quần đảo Natuna ở Biển Đông. Thông tin này đã được tiết lộ trong biên bản của cuộc họp giữa Tư lệnh Lực lượng vũ trang Indonesia là Đại tướng Gatot Nurmantyo với Ủy ban về các vấn đề Quốc phòng, Tình báo và đối ngoại (Komisi I) diễn ra hồi tháng 2 vừa qua.

Theo biên bản, Pulau Natuna Besar đã được lựa chọn vì nó gần gũi với Biển Đông, một vùng mà Hải quân Indonesia gần đây phải dành nhiều sự quan tâm vì những hành động ngày càng táo bạo của Bắc Kinh để thực hiện yêu sách lãnh thổ.

Để đầu tư cho việc xây dựng căn cứ tàu ngầm, Hải quân Indonesia đã đề xuất một khoản kinh phí 40 triệu USD từ Ủy ban các vấn đề Quốc phòng, Tình báo và Đối ngoại của Hạ viện Indonesia và Bộ Quốc phòng nước này. Một phần trong số đó cũng sẽ được phân bổ để nâng cấp một cầu tàu của Hải quân Indonesia tại Sabang Mawang (cũng thuộc đảo Pulau Natuna Besar) để nó đủ khả năng triển khai các tàu hải quân lớn như tàu khu trục tên lửa dẫn đường Sigma 10514 Perusak Kawal Rudal (PKR).

Hải quân Indonesia đang vận hành hai tàu ngầm diesel – điện lớp Cakra Type 209/1300 do Đức chế tạo. Các tàu này đặt căn cứ ở Surabaya.

Họ cũng đang chờ đợi việc giao hàng của 3 chiếc tàu ngầm Type 209/1400 từ Hàn Quốc và dự kiến sẽ đặt các tàu ngầm này tại căn cứ hiện đang xây dựng ở Palu, Trung Sulawesi.

Như vậy, việc xây dựng căn cứ tàu ngầm thứ 3 ở Pulau Natuna Besar có vẻ nhằm mục đích chuẩn bị cho kế hoạch mua thêm các tàu ngầm mới của Indonesia.