Tương truyền, khi chúa Nguyễn Hoàng vào Thuận Hóa làm trấn thủ xứ năm 1600, ông đã cực kì ấn tượng với ngọn đồi nhỏ tên là Hà Khê nhô lên bên một khúc quanh phía mạn ngược của bờ Bắc sông Hương, tạo nên thế đất rồng ngoái đầu nhìn lại. Dân xung quanh còn lan truyền câu chuyện có một bà tiên mặc quần xanh áo đỏ báo trước rằng sẽ có một vị minh chúa đến đất này lập chùa để tụ linh khí, giữ gìn long mạch đất nước. Do đó mà năm 1601, chùa Thiên Mụ chính thức được khởi lập bởi chúa Nguyễn Hoàng. Đến năm 1862 thì vua Tự Đức đổi tên thành Linh Mụ vì sợ tên có chữ "Thiên" sẽ phạm húy với trời.

Chùa Thiên Mụ nằm ở thượng nguồn sông Hương và chùa Sùng Hóa nằm ở phía hạ lưu sông Hương chính là hai công trình Phật giáo “đánh dấu” vùng đất mà gồm 9 chúa 13 vua Nguyễn ở xứ Đàng Trong xây dựng cơ đồ. Chùa Thiên Mụ không chỉ là nơi trấn giữ phong thủy, được vua chúa chọn để tổ chức quốc lễ, Phật lễ mà còn là bảo vật tâm linh giúp chúa thu phục lòng dân. Đặc biệt, trong chùa còn lưu giữ tấm bia đá “Ngự kiến Thiên Mụ Tự” là bảo vật quốc gia (2020), chạm khắc chữ và dấu cực kì tinh xảo, có nội dung biểu đạt kiến thức uyên thâm của chúa Nguyễn Phúc Chu - vị chúa Nguyễn có nhiều công mở mang phát triển đất nước vào đầu thế kỷ 18.

Ngoài điển tích Bà Mụ hiện lên báo trước việc xây chùa thì ở đây còn lưu truyền câu chuyện tình duyên ai oán của một cặp đôi. Theo đó, thời xưa có anh chàng nghèo và nàng tiểu thư khuê các yêu nhau say đắm. Vì quan niệm môn đăng hộ đối mà nhà gái kịch liệt phản đối mối quan hệ này.

Uất ức, đau khổ, cặp đôi cùng gieo mình xuống sông Hương với mong muốn được bên nhau mãi mãi. Đâu có ai ngờ chàng trai ra đi còn cô gái lại trôi dạt vào bờ và được người dân cứu sống. Đợi chờ người mình yêu mòn mỏi nơi cửu tuyền, chàng trai sinh ai oán, nhập vào chùa Thiên Mụ. Từ đó dân xung quanh kháo nhau lời nguyền của ngôi chùa rằng: “Bất kỳ cặp đôi nào yêu nhau, tới đây đều sẽ không có kết cục tốt đẹp”. Tuy nhiên sau này, trụ trì chùa đính chính đây chỉ là câu chuyện được thêu dệt lên để răn đe những đôi nam nữ muốn làm chuyện không đúng đắn tại những góc khuất trong chùa.

Trải qua hơn 400 năm lịch sử, chùa Thiên Mụ được gìn giữ, bảo tồn nên vẫn giữ được dáng vẻ tuyệt đẹp về mặt cảnh quan và kiến trúc, thu hút du khách thập phương đến tham quan.