Vị trí, hoạt động của các chợ đầu mối Hà Nội sẽ có nhiều điều chỉnh, di dời và xóa bỏ. Theo Quyết định số 6481/QĐ-BCT phê duyệt Quy hoạch tổng thể phát triển mạng lưới chợ toàn quốc đến năm 2025, tầm nhìn đến năm 2035 vừa được Bộ Công thương ban hành, Hà Nội sẽ giữ nguyên chợ đầu mối Minh Khai (Bắc Từ Liêm), xoá bỏ di dời chợ đầu mối phía Nam (quận Hoàng Mai) giai đoạn đầu tư 2021-2025, chợ đầu mối Long Biên (quận Ba Đình) 2015-2020.

Với chức năng chợ đầu mối loại 1 lại ở trung tâm thành phố Hà Nội, chợ đầu mối Long Biên vốn đã bị quá tải trầm trọng, dẫn đến không đảm bảo an ninh trật tự, an toàn giao thông, vệ sinh môi trường, vệ sinh an toàn thực phẩm và tiềm ẩn nguy cơ cháy nổ cao.

Theo đó việc chuyển đổi đã được tính đến. Các đơn vị sẽ tổ chức sắp xếp lại các khu vực kinh doanh trong chợ Long Biên theo hướng các hộ kinh doanh bán buôn (nhất là hộ kinh doanh hàng hoa quả), kinh doanh quy mô lớn thường xuyên sử dụng phương tiện vận tải có tải trọng lớn đăng ký và di chuyển địa điểm kinh doanh vào các chợ đầu mối (Đền Lừ, Bắc Thăng Long...).

Các hộ kinh doanh tại chợ Long Biên chỉ thực hiện kinh doanh bán lẻ hàng tiêu dùng cho nhân dân; phân chia lại diện tích các điểm kinh doanh trong các dãy nhà cầu chợ, tuỳ theo đặc điểm riêng của từng ngành hàng, để chia diện tích cho phù hợp với quy mô chợ dân sinh.

Đặc biệt, chợ Long Biên không còn tồn tại, chức năng bán buôn di chuyển vào các chợ đầu mối bán buôn của thành phố (đầu mối phía Nam, Bắc Thăng Long..), bán lẻ sẽ đưa vào khu vực chợ Đồng Xuân-Bắc Qua.