Theo Sở Y tế TP HCM, đây là bệnh viện đa khoa công lập hoạt động theo mô hình liên kết chuyên khoa, tận dụng cơ sở hạ tầng sẵn có của Trung tâm Y tế huyện Cần Giờ trước đây.
Bệnh viện Từ Dũ đảm nhận vai trò vận hành, quản trị chung và phụ trách chuyên khoa Sản – Phụ khoa. Các chuyên khoa khác sẽ được đảm trách bởi các bệnh viện đầu ngành của TP HCM, gồm: Bệnh viện Nhi đồng Thành phố, Bệnh viện Lê Văn Thịnh (chuyên khoa Nội, Ngoại, bao gồm cả lọc thận), Bệnh viện Mắt, Bệnh viện Răng Hàm Mặt, Bệnh viện Tai Mũi Họng, Bệnh viện Phục hồi chức năng - bệnh nghề nghiệp và Bệnh viện Da liễu.
Các đơn vị này sẽ biệt phái bác sĩ, nhân viên y tế phụ trách chuyên môn tại từng khoa và luân phiên hỗ trợ khám chữa bệnh tại cơ sở 2 của Bệnh viện Từ Dũ.
Ngoài chức năng khám và điều trị cho người dân khu vực Cần Giờ và vùng phụ cận, Bệnh viện Từ Dũ cơ sở 2 còn thực hiện hội chẩn, tư vấn từ xa với các trạm y tế xã, đồng thời tham gia chương trình y tế dự phòng và chăm sóc sức khỏe ban đầu.
Việc đưa vào hoạt động cơ sở 2 không chỉ giúp người dân Cần Giờ tiếp cận dịch vụ y tế chất lượng cao ngay tại địa phương, mà còn góp phần giảm tải cho các bệnh viện tuyến trên và phát triển mạng lưới y tế cơ sở của TP HCM.