Theo cáo trạng, năm 2020, Sở GD-ĐT tỉnh Thanh Hóa triển khai thực hiện 2 gói thầu mua đồ dùng dạy học lớp 1 thực hiện chương trình sách giáo khoa mới từ năm 2020-2021 cho các trường trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa, tổng giá trị hơn 119 tỉ đồng.
Do muốn trúng thầu, Lê Thế Sơn, Giám đốc Công ty Sách Thanh Hóa đến gặp Phạm Thị Hằng xin tham gia, tạo điều kiện để trúng 2 gói thầu trên.
Phạm Thị Hằng sau đó đã chỉ đạo Lê Văn Cương, Trưởng phòng Kế hoạch, tài chính; Nguyễn Văn Phụng, Chuyên viên phòng Kế hoạch, tài chính tạo điều kiện cho Công ty sách Thanh Hóa của Sơn tham gia, trúng thầu. Quá trình thực hiện gói thầu số 1, bị can Cương, Phụng đã thống nhất với Sơn để liên danh Thanh Hà (Công ty Sách Thanh Hóa và Công ty Hoàng Đạo) trúng thầu gói thầu số 1.
Để hợp thức hóa hồ sơ, đủ điều kiện trúng thầu, Cương, Phụng và Sơn thống nhất lập danh mục thiết bị, giá từng loại thiết bị dạy học lớp 1. Sau đó, Sơn liên hệ với Bùi Việt Long, Phó Trưởng phòng kinh doanh Công ty Hoàng Đạo lấy thông số kỹ thuật, cấu hình, giá máy chiếu… sau đó tự thống nhất giá để Phạm Thị Hằng ký tờ trình xin UBND tỉnh Thanh Hóa phê duyệt chủ trương thực hiện gói thầu.
Khi được UBND tỉnh Thanh Hóa đồng ý chủ trương, Phạm Thị Hằng ký hợp đồng thuê Công ty thẩm định giá BTC VALUE, thẩm định giá thiết bị gói thầu số 1 do Hồ Thị Sáu đại diện. Sau đó, Sáu đã sử dụng danh mục, giá thiết bị đã được Phụng, Sơn thống nhất từ trước rồi sửa dự thảo chứng thư thẩm định giá theo yêu cầu của Sơn và Phụng.
Từ danh mục đã được các bị can trên thống nhất, UBND tỉnh Thanh Hóa đã phê duyệt danh mục, dự toán mua đồ dùng dạy học gói thầu số 1 với tổng dự toán kinh phí trên 33,6 tỉ đồng.
Sau đó, bị can Hằng chỉ định Công ty Nam Anh lập hồ sơ mời thầu và đánh giá hồ sơ dự thầu gói thầu số 1 mà không thẩm định hồ sơ năng lực của công ty này theo đúng quy định (bản thân Nguyễn Duy Linh là giám đốc công ty không có chứng chỉ hành nghề hoạt động đấu thầu theo quy định), nhưng Linh đã giả mạo hồ sơ, đưa bằng cấp người khác vào cho đủ điều kiện.
Đồng thời, Linh đã soạn thảo biên bản thương thảo hợp đồng, hợp đồng tư vấn, quyết định chỉ định thầu gửi cho Bùi Trí Thức để "hợp thức hóa" trình bị can Hằng ký phê duyệt để lập hồ sơ mời thầu. Toàn bộ công việc lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu gói thầu số 1 đều do Nguyễn Duy Linh thực hiện theo yêu cầu, thống nhất của Phụng, Cương và Sơn.
Tương tự các chiêu trò trên, tại gói thầu số 2, các bị can trên cùng Trịnh Hữu Nghĩa, Vũ Thị Ninh, Đặng Xuân Minh, Nguyễn Quốc Việt đã thỏa thuận, thông đồng, lập khống hồ sơ, giấy tờ để hợp thức hóa, trình các cơ quan liên quan thông qua.
Do gói thầu số 2 có giá trị lớn (gần 87 tỉ đồng), Công ty Sách Thanh Hóa không đủ năng lực để tham gia, do vậy Sơn đã chủ động liên hệ với Công ty Hoàng Đạo, Công ty Khang An, Công ty Nam Hoa và Công ty Long Thành đề nghị cùng tham gia liên danh đấu thầu với tên gọi Liên danh Thanh Hà - Thanh Hóa.
Với việc dàn xếp từ trước nên Liên danh Thanh Hà (Công ty Sách Thanh Hóa, Công ty Hoàng Đạo) và Liên danh Thanh Hà – Thanh Hóa (tất cả đều do Sơn điều hành) đã tham gia đấu thầu và dễ dàng trúng 2 gói thầu trên có tổng giá trị 119, 6 tỉ đồng (gói số 1 trị giá 32,6 tỉ đồng; gói số 2 gần 87 tỉ đồng). Tổng giá trị 2 gói thầu do Sở GD-ĐT tỉnh Thanh Hóa nâng khống, gây thất thoát ngân sách nhà nước là trên 20,8 tỉ đồng.