Ngày 10/7, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03), Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can, thực hiện khám xét và bắt tạm giam đối với ông Bùi Quốc Việt (trú quận Hoàn Kiếm) - anh trai bị can Bùi Quang Huy - Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường để điều tra về tội danh "buôn lậu".
Liên quan đến vụ án, CQĐT cũng bị khởi tố bị can để điều tra về hành vi buôn lậu đối với ông Võ Việt Hùng - Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh tại phường Cổ Nhuế (quận Bắc Từ Liêm, Hà Nội).
Trước đó, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã khởi tố vụ án “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Buôn lậu” và “Rửa tiền”, xảy ra tại Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường (Công ty Nhật Cường), Công ty TNHH Giải pháp phần mềm Nhật Cường (Nhật Cường Software).
Theo đó, cơ quan điều tra khởi tố 10 bị can về các tội trên, riêng Bùi Quang Huy - TGĐ Công ty Nhật Cường bị khởi tố cả 3 tội.
Quá trình điều tra mở rộng vụ án, ngày 29/11, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an khởi tố bổ sung vụ án “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Sở Kế hoạch và Đầu tư (KH&ĐT) Hà Nội và các đơn vị có liên quan.
Cơ quan điều tra đã khởi tố bị can, bắt tạm giam Nguyễn Tiến Học - nguyên Phó giám đốc Sở; Phạm Thị Kim Tuyến - Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở KH&ĐT và Lê Duy Tuấn - GĐ kinh doanh Công ty TNHH Đầu tư và phát triển Đông Kinh. Đồng thời khởi tố bổ sung bị can đối với Bùi Quang Huy cùng về tội trên.
Đến cuối tháng 12/2019, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã khởi tố, bắt tạm giam đối với ông Nguyễn Văn Tứ - Chánh Văn phòng Thành ủy Hà Nội, nguyên Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.
Ông Tứ được xác định có liên quan vi phạm tại thời điểm ông này làm Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội từ năm 2016. Tại thời điểm này, Sở KH&ĐT Hà Nội đã phê duyệt gói thầu “Số hóa tài liệu hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trên địa bàn thành phố Hà Nội năm 2016”.
Gói thầu nêu trên được ký ngày 26/12/2016 giữa 3 bên là Sở KHĐT Hà Nội; Công ty TNHH và dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường và Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh. Giá trị hợp đồng là gần 43 tỷ đồng bao gồm toàn bộ chi phí vận hành, vận chuyển, hỗ trợ, chuyển giao các loại thuế, phí, lệ phí theo quy định của Nhà nước.
Thời gian thực hiện hợp đồng là 265 ngày, tuy nhiên Sở KH&ĐT đã nhiều lần gia hạn, liên danh Công ty TNHH và dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường - Công ty Đầu tư và Phát triển Đông Kinh được “ưu ái” kéo dài thời gian thực hiện gói thầu gấp đôi so với hợp đồng.
Căn cứ kết quả điều tra và tài liệu chứng cứ thu thập được, ngày 21/01/2020, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã tiếp tục ra các Quyết định khởi tố bị can, Lệnh khám xét và Lệnh bắt tạm giam 3 bị can, gồm: Phạm Văn Hiệp, Nguyễn Bảo Trung, Mai Tiến Dũng, Trưởng ngành hàng điện thoại cũ Cty Nhật Cường và truy nã bị can đối với Đỗ Văn Hùng về tội Buôn lậu theo Điều 188 Bộ luật hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.