Phạm vi lập quy hoạch diện tích khoảng 14.308 ha, gồm phần hiện hữu trên bán đảo Phương Mai có diện tích khoảng 12.000 ha, trên địa giới hành chính phường Hải Cảng và các xã Nhơn Hội, Nhơn Lý, Nhơn Hải thuộc thành phố Quy Nhơn; các xã Cát Tiến, Cát Hải, Cát Chánh thuộc huyện Phù Cát; các xã Phước Hòa, Phước Sơn thuộc huyện Tuy Phước, tỉnh Bình Định; có giới hạn địa lý phía Bắc giáp Núi Bà, xã Cát Hải, huyện Phù Cát; phía Đông và Nam giáp Biển Đông; phía Tây giáp Đầm Thị Nại.
Trong khi đó, phần mở rộng trên địa giới hành chính tại xã Canh Vinh, huyện Vân Canh, tỉnh Bình Định có diện tích khoảng 2.308 ha; có giới hạn địa lý phía Bắc, phía Tây và phía Nam giáp đất đồi núi huyện Vân Canh; phía Đông giáp khu dân cư hiện hữu xã Canh Vinh.
Khu kinh tế được chia thành 8 phân khu chức năng: Phân khu 1 - Khu đô thị, du lịch Tân Thanh, Vĩnh Hội; Phân khu 2 - Khu đô thị cửa ngõ Cát Tiến; Phân khu 3 - Khu đô thị Nhơn Hội; Phân khu 4 - Khu công nghiệp đô thị Nhơn Hội; Phân khu 5 - Khu đô thị du lịch Phương Mai; Phân khu 6 - Đầm Thị Nại; Phân khu 7 - Khu công nghiệp - đô thị Becamex; Phân khu 8 - Khu đô thị - dịch vụ Becamex B, trong đó Phân khu 1 - 6 nằm tại Phần hiện hữu và Phân khu 7, 8 nằm tại Phần mở rộng.
Về hệ thống hạ tầng kinh tế - xã hội, xây mới khu trung tâm hành chính Khu kinh tế, quy mô khoảng 11 ha; xây mới khu trung tâm đào tạo nghề, quy mô khoảng 19 ha; xây mới hệ thống trường trung học phổ thông tại các cơ sở khám chữa bệnh tại các khu đô thị; khuyến khích phát triển và quản lý hệ thống y tế tư nhân đạt chuẩn; xây mới khu Trung tâm văn hóa nghệ thuật biểu diễn, quy mô khoảng 5 ha; xây mới mạng lưới nhà văn hóa, các câu lạc bộ, thư viện tại các khu đô thị; xây mới khu trung tâm thể dục thể thao, quy mô khoảng 8 ha; xây mới các công trình luyện tập thể thao cấp đô thị tại các khu đô thị.