Do trong thời kỳ khiếu nại cơ quan thuế, công ty đồng thời khiếu nại Quyết định số 4777 ngày 29/12/2020 của UBND TP HCM về việc phê duyệt phương án giá đất đối với khu đất 30,106 ha thuộc dự án khu dân cư và du lịch-văn hóa-giải trí (dự án L.City), phường An Phú, quận 2 (nay là TP Thủ Đức) để Công ty T. thực hiện nghĩa vụ tài chính.
Theo Cục Thuế TP HCM, kết quả xác minh là ngày 12/4/2004, UBND TP HCM ban hành Quyết định số 1578 về thu hồi và tạm giao đất cho Công ty để tiến hành bồi thường, giải phóng mặt bằng tại phường Bình Khánh, Bình Trưng Tây, quận 2.
Ngày 31/5/2010, UBND TP HCM ban hành Quyết định số 2405 về giao đất cho Công ty để đầu tư xây dựng khu nhà ở tái định cư tại phường Bình Khánh, quận 2. (Đến ngày 16/12/2020, UBND TP HCM ban hành Quyết định số 4624UBND về chấm dứt việc giao khu đất hơn 30,2 ha tại phường Bình Khánh, quận 2 cho Công ty tại Quyết định số 2405 ngày 31/5/2010 của UBND TP).
Ngày 24/3/2016, UBND TP HCM ban hành Quyết định số 1392 về duyệt phương án giá đất theo thị trường đối với khu đất hơn 30,2 ha tại phường Bình Khánh, quận 2 và khu đất 30.106 ha Nam Rạch Chiếc, phường An Phú để giải quyết hoán đổi cho Công ty T.. Trong đó, xác định nghĩa vụ tài chính công ty phải thực hiện sau khi hoán đổi là hơn 52,68 tỷ đồng.
Thực hiện quyết định nêu trên, ngày 28/3/2016, Cục Thuế phát hành thông báo nộp tiền sử dụng đất số 3343 với số tiền sử dụng đất phải nộp là hơn 52,68 tỷ đồng. Ngày 1/4/2016, công ty đã nộp đủ số tiền nêu trên. Đến ngày 28/12/2018, UBND TP ban hành Quyết định số 6002 về thu hồi, hủy bỏ Quyết định số 1392.
Thực hiện quyết định này, ngày 13/3/2019, Cục Thuế phát hành Văn bản số 2154 về thu hồi, hủy bỏ thông báo nộp tiền sử dụng đất số 3343 để thực hiện hoàn trả cho công ty theo quy định.
Ngày 18/4/2017, UBND TP HCM ban hành Quyết định số 1812 về chấp hành cho Công ty sử dụng đất tại phường An Phú, quận 2 để đầu tư dự án khu dân cư và du lịch-văn hóa-giải trí (thuộc khu dân cư Nam Rạch Chiếc).
Ngày 27/12/2017, UBND TP phát hành Công văn số 8053 (khẩn) gửi Cục Thuế về việc xử lý tạm nộp tiền sử dụng đất (trong đó có dự án L.City, phường An Phú, quận 2, tạm nộp 80 tỷ đồng).
Thực hiện công văn này, ngày 29/12/2017, Cục Thuế phát hành thông báo tạm nộp tiền sử dụng đất số 18938 với số tiền sử dụng đất phải nộp là 80 tỷ đồng. Cùng ngày, công ty đã thực hiện nộp đủ số tiền nêu trên.
Đến ngày 29/12/2020, UBND TP ban hành Quyết định số 4777 về phê duyệt phương án giá đất đối với khu hơn 30,1 ha thuộc dự án khu dân cư và du lịch-văn hóa-giải trí (thuộc khu dân cư Nam Rạch Chiếc), phường An Phú, quận 2 để Công ty thực hiện nghĩa vụ tài chính.
Căn cứ Quyết định số 1812 và Quyết định số 4777 của UBND TP.HCM, phiếu chuyển thông tin số 113 ngày 6/1/2021 để xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai của Sở Tài nguyên và Môi trường. Ngày 8/1/2021, Cục Thuế đã ra thông báo số 268 và 269 với tổng số tiền mà Công ty phải nộp là hơn 5.175,9 tỷ đồng (trong đó hơn 511,9 tỷ đồng là tiền thuê đất và hơn 4.664 tỷ đồng là tiền sử dụng đất).
Theo Cục trưởng Cục Thuế TP HCM, việc thu tiền sử dụng đất được căn cứ tại khoản I Điều 14 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ và thu tiền thuê đất, thuê mặt nước được căn cứ tại điểm a, khoản I, Điều 22 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ.
Căn cứ hồ sơ, đối chiếu các văn bản nêu trên, Cục Thuế TP HCM kết luận: Nội dung khiếu nại là sai toàn bộ và không công nhận nội dung khiếu nại của Công ty T. Yêu cầu công ty thực hiện Thông báo số 268 và 269 của Cục Thuế TP HCM theo quy định.